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選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目標區(qū)域，通過檢測目標區(qū)域的序列變異和豐度，以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。
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擴增子測序是對特定長度的PCR產(chǎn)物或捕獲的片段進行測序，分析序列中的變異。
16S/18S/ITS等擴增子測序即通過提取環(huán)境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目標區(qū)域，通過檢測目標區(qū)域的序列變異和豐度，以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。
16S/18S rDNA為編碼原/真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。
ITS分為兩個區(qū)域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。
采用Ion S5 XL測序平臺，以半導體測序技術(shù)為核心，直接將化學信號轉(zhuǎn)換成數(shù)字信號，單端測序，無需拼接，平臺重復性比Illumina測序平臺更好，SE400/SE600兩種模式，為擴增子測序提供更多的選擇。
從材料選取，建庫測序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學、縝密的設(shè)計，以保障高質(zhì)量研究成果。
分析內(nèi)容=標準分析+高級分析。
基于目標區(qū)域的測序，檢測序列豐度，以充分研究環(huán)境微生物多樣性和群落結(jié)構(gòu)差異性。
| 高級分析 | 解決問題 |
| 腸型分析 | 腸道菌準確定位和疾病預(yù)測和治療 |
| PICRUSt | 預(yù)測宏基因組的功能組成 |
| FAPROTAX | 預(yù)測環(huán)境樣本的生物化學循環(huán)過程 |
| Tax4fun | 腸道、土壤等樣品的功能預(yù)測 |
| FunGuild | 預(yù)測真菌的生態(tài)功能 |
| 標準分析 | 解決問題 |
| 物種注釋 | 物種注釋及各物種豐度信息 |
| α-多樣性分析 | 微生物群落的豐富度和多樣性 |
| β-多樣性分析 | 不同樣本間的微生物群落 及各樣本差異情況 |
| 多元統(tǒng)計分析 | 尋找組間具有顯著差異的物種，同時可以比較組內(nèi)差異和組間差異的大小，判斷分組是否有意義 |
| CCA分析 | 研究物種組成與環(huán)境因子間的關(guān)系 |
| 環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析 | |
| VPA分析 |
諾禾致源基于多樣性的測序區(qū)域選擇，結(jié)合研究目的和樣品自身的特點，靈活制定研究方案，用專業(yè)成熟的樣本制備、建庫以及數(shù)據(jù)分析流程，客觀還原樣品本身的菌群結(jié)構(gòu)以及豐度。
擴增子測序采用先進的Ion S5 XL測序平臺，快速、高效地讀取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計算平臺（High Performance Computing，HPC）采用DELL計算節(jié)點和Isilon存儲的高效組合，實現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展，高性能計算平臺將會持續(xù)更新并擴容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲。
至2017年12月，諾禾致源諾禾16S樣本數(shù)突破220,000例，包括土壤、水體、糞便、淤泥、發(fā)酵物等樣本。“科學的方案設(shè)計，嚴格的質(zhì)控管理，專業(yè)的分析團隊，豐富的項目經(jīng)驗，優(yōu)質(zhì)的項目服務(wù)”確保每一個環(huán)節(jié)都能出色完成，助力科學研究。
