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通過基因組測序和組裝獲得細菌全基因組序列，并對其進行結構和功能研究的方法
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| 服務商： 北京諾禾致源科技股份有限公司 | 查看該公司所有服務 >> |
細菌基因組研究，是通過基因組測序和組裝獲得細菌全基因組序列，并對其進行結構和功能研究的方法。依據(jù)研究目標所需精細程度的不同，我們提供了細菌框架圖、精細圖和完成圖三種不同的解決方案。通過對這些細菌測序研究，我們可以更好地了解和掌控菌株的生理過程，讓細菌更好地為我們所用。
從材料選取，建庫測序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學、縝密的設計，以保障高質量研究成果。多平臺的選擇，不同精細程度的細菌基因組測序方案，適用不同研究背景，為您量身定制最適宜的細菌基因組解決方案。
| 產品 | 測序平臺 | 測序策略 | 組裝指標 | 適用范圍 | 項目周期 |
| 細菌框架圖 | Illumina PE150 | 350 bp文庫 ≥ 100 X | 無 | 大規(guī)模測序 快速掃描 |
30個自然日 |
| 細菌精細圖 | Illumina PE150 | 350 bp文庫 ≥100X 6 Kbp文庫 ≥100X |
≤30 scaffolds | 中等規(guī)模測序 適度精細 |
45個自然日 |
| 細菌完成圖 | PacBio | 10 Kb SMRT 文庫 ≥50 X | 1 contig 0 Gap |
少量菌株測序 精確到位 |
60個自然日 |
分析內容=標準分析+高級分析。
不同精細程度的細菌基因組信息分析，解密細菌的發(fā)展歷程，探究其潛在價值。
| 基因組組裝 | 基因組組裝及結果評估 | 組裝獲得高質量的基因組序列 |
| 基因組結構研究 | 編碼/非編碼基因預測 | 預測編碼/非編碼基因信息 |
| 重復序列分析 | 分析基因組重復序列結構 | |
| 基因島預測 | 預測基因組內基因島結構 | |
| 前噬菌體預測 | 預測基因組前噬菌體序列 | |
| CRISPR 預測 | 對基因組進行 CRISPR 預測 | |
| 基因基本功能注釋 | 常見功能數(shù)據(jù)庫注釋 (NR、GO、COG、KEGG、SwissProt、Pfam、TCDB、CAZy) |
通過常見權威數(shù)據(jù)庫解釋編碼基因功能 |
| 全基因組功能圈圖展示（精細圖/完成圖） | 全面總覽基因組組分情況 | |
| 基因組甲基化修飾分析（完成圖） | 總覽基因組甲基化修飾情況 | |
| 菌株致病相關研究 | 分泌系統(tǒng)效應蛋白、病原與宿主互作、分泌蛋白、次級代謝產物基因簇 | 從胞外分泌、宿主互作等機制解釋菌株致病性 |
| 細菌致病菌毒力因子和耐藥基因注釋（VFDB、 ARDB、CARD ） | 毒力因子及致病性相關基因 |
不論是個體深入變異解析，還是群體進化歷史解讀，我們都有完備的解決方案，為您解決關心的生物學問題。
| 研究目標 | 應用技術 | 解決問題 |
| 個體深入變異解析 | 基因組間共線性分析 | 基因組一對一共線性比較尋找基因組間同源序列 |
| 基因組間變異檢測 | 以共線性區(qū)域為基礎全面解析基因組間變異信息 | |
| 群體進化歷史解讀 | Core-pan基因解析 | 構建Core-pan基因集合單拷貝基因用于進化分析 |
| 進化樹構建、ANI、cgMLST | 構建菌株間進化關系解析菌株起源傳播規(guī)律 |
細菌基因組測序采用先進的Illumina、PacBio測序平臺，快速、高效地讀取高質量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計算平臺（High Performance Computing，HPC）采用DELL計算節(jié)點和Isilon存儲的高效組合，實現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務的發(fā)展，高性能計算平臺將會持續(xù)更新并擴容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲。
諾禾致源微生物客戶遍布全球，截止2017年12月，已發(fā)表20余篇微生物文章，細菌基因組完成樣品數(shù)超過20000個，項目合作領域涵蓋了動植物致病菌、工業(yè)菌、益生菌、環(huán)境菌株等廣泛領域。
“科學的方案設計，嚴格的質控管理，專業(yè)的分析團隊，豐富的項目經驗，優(yōu)質的項目服務”
確保每一個環(huán)節(jié)都能出色完成，助力科學研究。
