 |
通過(guò)基因組測(cè)序和組裝
獲得真菌全基因組序列，并對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能研究的方法
|
|||||||||||||||||
| [發(fā)表評(píng)論] [本類(lèi)其他服務(wù)] [本類(lèi)其他服務(wù)商] | ||||||||||||||||||
| 服務(wù)商： 北京諾禾致源科技股份有限公司 | 查看該公司所有服務(wù) >> |
真菌基因組研究，是通過(guò)基因組測(cè)序和組裝獲得真菌全基因組序列，并對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能研究的方法。依據(jù)研究目標(biāo)所需精細(xì)程度的不同，我們提供了真菌框架圖、精細(xì)圖和作為真菌精細(xì)圖前置的真菌Survey三種不同的解決方案。對(duì)這些菌株的深入研究，也讓我們能夠更好的了解和利用真菌資源，創(chuàng)造出更大的價(jià)值。
多平臺(tái)的選擇，不同精細(xì)程度的真菌基因組測(cè)序方案，適用不同研究背景，為您量身定制最適宜的真菌基因組解決方案。
| 產(chǎn)品 | 測(cè)序平臺(tái) | 測(cè)序策略 | 組裝指標(biāo) | 適用范圍 | 項(xiàng)目周期 |
| 真菌Survey | Illumina PE150 | 350bp文庫(kù) ≥ 100X | 無(wú) | 估算基因組大小 評(píng)估組裝難度 |
30個(gè)自然日 |
| 真菌框架圖 | Illumina PE150 | 350bp文庫(kù) ≥ 100X | 無(wú) | 大量菌株 框架測(cè)序 |
45個(gè)自然日 |
| 真菌精細(xì)圖 | PacBio | PacBio文庫(kù) ≥ 70X 350bp文庫(kù) ≥ 20X |
基因組<100 Mb CN50*≥1 Mb; 基因組≥100 Mb CN50*≥500 Kb |
少量個(gè)體 精細(xì)組裝 |
90個(gè)自然日 |
從材料選取，建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)，以保障高質(zhì)量研究成果。
分析內(nèi)容=標(biāo)準(zhǔn)分析+高級(jí)分析。
不同精細(xì)程度的真菌基因組信息分析，解密真菌的發(fā)展歷程，探究其潛在價(jià)值。
| 研究領(lǐng)域 | 具體內(nèi)容 | 作用 |
| 基因組組裝 | 基因組組裝及結(jié)果評(píng)估 | 組裝獲得高質(zhì)量的基因組序列 |
| 基因組結(jié)構(gòu)研究 | 編碼基因預(yù)測(cè) | 多種預(yù)測(cè)途徑獲得可靠編碼基因信息 |
| ncRNA預(yù)測(cè) | 預(yù)測(cè)非編碼RNA結(jié)構(gòu) | |
| 重復(fù)序列分析 | 分析基因組重復(fù)序列結(jié)構(gòu) | |
| 基因基本功能注釋 | 常見(jiàn)功能數(shù)據(jù)庫(kù)注釋 (NR、GO、KOG、KEGG 、Pfam 、SwissProt、TCDB、CAZy) |
通過(guò)常見(jiàn)權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)解釋編碼基因功能 |
| 菌株致病相關(guān)研究 | 病原與宿主互作（PHI）、分泌蛋白、次級(jí)代謝產(chǎn)物基因簇、 細(xì)胞色素P450、真菌毒力因子（DFVF） |
從胞外分泌、宿主互作等機(jī)制解釋菌株致病性 |
不論是個(gè)體深入變異解析，還是群體進(jìn)化歷史解讀，我們都有完備的解決方案，為您解決關(guān)心的生物學(xué)問(wèn)題。
| 研究目標(biāo) | 應(yīng)用技術(shù) | 解決問(wèn)題 |
| 個(gè)體深入變異解析 | 基因組間共線性分析 | 基因組一對(duì)一共線性比較尋找基因組間同源序列 |
| 基因組間變異檢測(cè) | 以共線性區(qū)域?yàn)榛A(chǔ)全面解析基因組間變異信息 | |
| 群體進(jìn)化歷史解讀 | 基因家族構(gòu)建 | 基于MCL算法精準(zhǔn)聚類(lèi)單拷貝基因用于進(jìn)化分析 |
| 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建 | 構(gòu)建菌株間進(jìn)化關(guān)系解析菌株起源傳播規(guī)律 |
真菌基因組測(cè)序采用先進(jìn)的Illumina、PacBio測(cè)序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)（High Performance Computing，HPC）采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合，實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展，高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。
諾禾致源微生物客戶(hù)遍布全球，截止2017年12月，已發(fā)表20余篇微生物文章，單菌完成樣品數(shù)超過(guò)20000個(gè)，項(xiàng)目合作領(lǐng)域涵蓋了動(dòng)植物致病菌、工業(yè)菌、益生菌、環(huán)境菌株等廣泛領(lǐng)域。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì)，嚴(yán)格的質(zhì)控管理，專(zhuān)業(yè)的分析團(tuán)隊(duì)，豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”
確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成，助力科學(xué)研究。
- 怡美通德推出成本價(jià)體驗(yàn)單細(xì)胞測(cè)序（FFPE或全血）
- 伯豪生物2024系列培訓(xùn)班（陜西站）報(bào)名開(kāi)啟
- 伯豪單細(xì)胞Flex年中巨惠，1.1W/樣本活動(dòng)價(jià)即將截止
- 伯豪生物2024單細(xì)胞空轉(zhuǎn)生信培訓(xùn)8月直播課開(kāi)啟報(bào)名
- 中生柏奧成為德國(guó)LenioBio中國(guó)區(qū)合作伙伴
- 云平臺(tái)賦能，伯豪單細(xì)胞分析云流程正式上線
- 伯豪生物與騰云生物達(dá)成戰(zhàn)略合作共推科技服務(wù)新發(fā)展
- 伯豪生物直播預(yù)告：?jiǎn)渭?xì)胞技術(shù)在臨床科研中的應(yīng)用
- MeRIP-seq等揭示m6A甲基化及調(diào)控因子在食管胃結(jié)合部腺癌中的作用
- 單細(xì)胞甲基化多組學(xué)分析揭示哺乳期母體低蛋白飲食對(duì)子代的跨代傳遞
- WGBS在揭示主動(dòng)DNA去甲基化缺失植物的DNA甲基化跨代增加中的應(yīng)用
- SNP分型常見(jiàn)問(wèn)題及解決方案
- ACE等揭示產(chǎn)前不良環(huán)境暴露通過(guò)DNA羥甲基化變化介導(dǎo)子代自閉癥
- 文獻(xiàn)解讀：DNA甲基化保護(hù)早期胚胎線粒體基因組穩(wěn)定性
- 血液Target-BS揭示靶向DNA甲基化標(biāo)記水平與患者乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)
- 多組學(xué)測(cè)序分析揭示m5C甲基化上調(diào)E2F1表達(dá)以促進(jìn)卵巢癌腫瘤進(jìn)展
瀏覽該公司同類(lèi)服務(wù)
