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解碼蛋白與DNA結(jié)合的奧秘

ChIP-seq采用特異性抗體對(duì)目的蛋白進(jìn)行免疫沉淀后，分離與其結(jié)合的基因組DNA片段，并通過高通量測(cè)序，在全基因組范圍內(nèi)尋找目的蛋白特異結(jié)合的DNA位點(diǎn)，且可基于多個(gè)樣品進(jìn)行差異比較分析及特異蛋白結(jié)合位點(diǎn)的序列偏好性分析。

平臺(tái)優(yōu)，周期短，性價(jià)比高。

用于在全基因組范圍內(nèi)研究蛋白特異結(jié)合的DNA片段，組蛋白修飾和表觀遺傳修飾的技術(shù)，研究這三個(gè)主題有助于洞悉蛋白對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控以及染色體的功能結(jié)構(gòu)。
具有“覆蓋全，周期快，分析科學(xué)”的優(yōu)勢(shì)，已廣泛應(yīng)用于人、小鼠、酵母、水稻、擬南芥等物種的研究。

科學(xué)方案設(shè)計(jì)

從材料選取，建庫測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)，以保障高質(zhì)量研究成果。

信息分析

諾禾致源ChIP-seq測(cè)序項(xiàng)目，通過對(duì)IP下來的合格DNA樣本，建庫測(cè)序，獲得高質(zhì)量reads，根據(jù)SCC曲線判斷IP效果，通過motif分析判斷IP的特異性以及分析的可信性，高效預(yù)測(cè)相關(guān)基因，進(jìn)行功能富集分析、預(yù)測(cè)特異蛋白的功能，組蛋白染色體結(jié)合圖譜以及DNA的表觀修飾。

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分析內(nèi)容	解決問題
測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估	過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
與參考基因組比對(duì)	scc分析，判斷IP效果
peak峰calling	分析蛋白結(jié)合位點(diǎn)
motif分析	蛋白結(jié)合序列的偏好性
peak峰相關(guān)基因注釋	尋找蛋白潛在調(diào)控基因
差異peak分析	分析不同樣本間差異peak峰
相關(guān)基因功能分析	相關(guān)基因GO, KEGG富集分析

悅讀高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)，盡享HPC澎湃動(dòng)力

ChIP-seq采用先進(jìn)的HiSeq 2500測(cè)序平臺(tái)，快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)（High Performance Computing，HPC）采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合，實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展，高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。

出色完成每一個(gè)項(xiàng)目環(huán)節(jié)

至2015年12月，諾禾致源項(xiàng)目涉及人、哺乳動(dòng)物（（豬、小鼠、大鼠）、斑馬魚、植物（水稻，擬南芥）、真核微生物（酵母，四膜蟲）等30多種有參物種，樣本數(shù)高達(dá)351個(gè)，助力客戶發(fā)表多篇高水平文章。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì)，嚴(yán)格的質(zhì)控管理，專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì)，豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”，
確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成，助力科學(xué)研究。

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