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研究細胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況，以RNA免疫共沉淀（RIP）為基礎(chǔ)，采用特異抗體對RNA結(jié)合蛋白或者特殊修飾的RNA進行免疫共沉淀后，分離RNA，通過Illumina測序
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| 服務(wù)商： 北京諾禾致源科技股份有限公司 | 查看該公司所有服務(wù) >> |
RIP-seq是研究細胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況，以RNA免疫共沉淀（RIP）為基礎(chǔ)，采用特異抗體對RNA結(jié)合蛋白或者特殊修飾的RNA進行免疫共沉淀后，分離RNA，通過Illumina測序，在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究被特定蛋白特異結(jié)合的RNA區(qū)域或種類，且可比較多個樣品間差異。
采用卓越的RIP-seq技術(shù)，結(jié)合高性價比的測序數(shù)據(jù)和信息分析，在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對蛋白結(jié)合位點進行篩選與鑒定，系統(tǒng)、全面、精準挖掘結(jié)合位點，深度解析目標RNA種類以及其與蛋白的相互作用。
從材料選取，建庫測序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計，以保障高質(zhì)量研究成果。
諾禾致源RIP-seq測序項目，通過對IP下來的合格RNA樣本，建庫測序，獲得高質(zhì)量reads，根據(jù)SCC曲線判斷IP效果，通過motif分析判斷IP的特異性以及分析的可信性，高效預(yù)測相關(guān)基因，進行功能富集分析、預(yù)測特異蛋白的功能，以及特異蛋白結(jié)合的RNA種類。
了解更多>>| 分析內(nèi)容 | 解決問題 |
| 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 | 過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
| 與參考基因組比對 | scc分析，判斷IP效果 |
| peak峰calling | 分析蛋白結(jié)合位點 |
| 樣品間相關(guān)性分析 | 判斷實驗分組設(shè)計是否合理 |
| motif分析 | 蛋白結(jié)合序列的偏好性 |
| peak峰相關(guān)基因注釋 | 尋找蛋白潛在調(diào)控或者結(jié)合的基因 |
| 差異peak分析 | 分析不同樣本間差異peak峰 |
| 相關(guān)基因功能分析 | 相關(guān)基因GO，KEGG富集分析 |
RIP-seq采用先進的Illumina測序平臺，快速、高效地讀取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計算平臺（High Performance Computing，HPC）采用DELL計算節(jié)點和Isilon存儲的高效組合，實現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展，高性能計算平臺將會持續(xù)更新并擴容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲。
至2015年12月，諾禾致源已經(jīng)成功對牛、鼠、豬、人，
擬南芥等20多種哺乳動物和模式植物進行RIP測序分析，根據(jù)客戶研究的特殊性，
訂制個性化實驗方案，協(xié)助客戶完成大量基于NCS的個性化分析。
“科學(xué)的方案設(shè)計，嚴格的質(zhì)控管理，專業(yè)的分析團隊，豐富的項目經(jīng)驗，優(yōu)質(zhì)的項目服務(wù)”，
確保每一個環(huán)節(jié)都能出色完成，助力出色的科學(xué)研究。
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