基于CRISPR/Cas9技術(shù),設(shè)計(jì)成千上萬個sgRNA,在全基因組范圍內(nèi)進(jìn)行基因編輯實(shí)驗(yàn),篩選出大量突變細(xì)胞,識別與特定表型相關(guān)的基因
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從建庫測序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
脫靶檢測 | 分析內(nèi)容 |
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CRISPR Screen (sgRNA libraries)檢測 |
基本分析 1.原始序列數(shù)據(jù); 2.測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估:去除低質(zhì)量和接頭污染數(shù)據(jù); 3.與參考序列進(jìn)行比對、統(tǒng)計(jì)覆蓋度和測序深度。 |
高級信息分析 1.統(tǒng)計(jì)每一種 sgRNA 對應(yīng) reads 支持?jǐn)?shù) 2.對每一組 sgRNA 進(jìn)行 統(tǒng)計(jì),比較出增加或者減少的reads數(shù),并進(jìn)行排序。 |