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對(duì)具有參考序列(Reference Sequence)的不同個(gè)體,采用WGS方法進(jìn)行全基因組測(cè)序,經(jīng)生物信息分析,在全基因組范圍內(nèi)發(fā)生的SNPs和InDels進(jìn)行精確分析。
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基于成熟的生物信息分析人才,專業(yè)的項(xiàng)目分析,可以根據(jù)客戶不同要求分析個(gè)性化內(nèi)容,在全集因組范圍內(nèi)對(duì)編輯位點(diǎn)和脫靶位點(diǎn),進(jìn)行精確的定位分析,并且針對(duì)于感興趣片段進(jìn)行準(zhǔn)確定位。
從建庫測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
1、客戶需要提供給我們參考基因組序列信息;
2、編輯物種,編輯類型;
3、sgRNA序列信息;
4、編輯基因序列信息或插入片段序列。
脫靶檢測(cè) | 分析內(nèi)容 |
基因敲除 | 基本信息分析部分 1.原始序列信息 2.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估 3.將原始序列與參考基因組進(jìn)行比對(duì)分析,統(tǒng)計(jì)覆蓋度,檢測(cè)SNP/InDel 4.sg RNA 同源的序列區(qū)域進(jìn)行篩選 篩選全部基因組區(qū)域內(nèi)所有 sgRNA 同源區(qū)域,并根據(jù)同源分?jǐn)?shù)進(jìn)行排序 高級(jí)信息分析 5.sgRNA 同源區(qū)域脫靶檢測(cè) 編輯前后樣本序列信息比較,SNP、InDel進(jìn)行分析,并且對(duì) sgRNA 上下游100bp序列,做進(jìn)一步分析,避免錯(cuò)失突變位點(diǎn)序列 6.PAM區(qū)掃描潛在脫靶位點(diǎn) 在 sgRNA 同源區(qū)域中,篩選 PAM區(qū) NGG結(jié)構(gòu),例如 AGG,TGG,CGG,GGG,對(duì) PAM區(qū)發(fā)生的SNP,InDel 情況進(jìn)行統(tǒng)計(jì) |
基因插入 | 基本分析 1. 數(shù) 據(jù)質(zhì)控:去除含接頭和低質(zhì)量的數(shù)據(jù) 2. 與 參考基因組進(jìn)行比對(duì) 3.統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度及覆蓋度 4. SNP/InDel 變異結(jié)果檢測(cè) 高級(jí)分析 5.將插入序列mapping 到參考基因組中,確定插入具體位置 6.對(duì)插入位置或上下游基因進(jìn)行功能注釋 7.分析插入類型,雜合插入,純合插入或者脫靶 8.分析同源序列插入情況 |