Small RNA測(cè)序

產(chǎn)品簡(jiǎn)介
Small RNA是生物體內(nèi)一類序列長(zhǎng)度在18~30bp，對(duì)生命活動(dòng)具有重要調(diào)控作用的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA，一般通過與靶向mRNA特異性結(jié)合來調(diào)控靶mRNA的表達(dá)，從而在生物體的細(xì)胞生長(zhǎng)、分化、個(gè)體發(fā)育、疾病發(fā)生以及靶向藥物研究等起著重要的調(diào)控作用。小RNA測(cè)序是利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)小RNA進(jìn)行檢測(cè)，能快速鑒定并定量不同組織、不同發(fā)育階段、不同脅迫條件下已知和未知的小RNA的表達(dá)及其靶標(biāo)mRNA，為研究small RNA功能及調(diào)控機(jī)制提供有力手段。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
通量高：一次測(cè)序得到數(shù)百萬條以上的序列；
分辨率高：可以檢測(cè)小RNA 單個(gè)堿基的差異；
精準(zhǔn)度高：從幾個(gè)到數(shù)十萬個(gè)拷貝精確計(jì)數(shù)； 快速鑒定和預(yù)測(cè)多種類型的Small RNA及靶基因；
項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富，實(shí)驗(yàn)流程和生信分析流程成熟，數(shù)據(jù)可靠。

技術(shù)路線


結(jié)果展示
small RNA分類注釋
將Clean Reads分別與Silva數(shù)據(jù)庫、GtRNAdb數(shù)據(jù)庫、Rfam數(shù)據(jù)庫和Repbase數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列比對(duì)，過濾rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA等ncRNA以及重復(fù)序列，獲得包含miRNA的未注釋的 reads，將未注釋的reads與參考基因組進(jìn)行序列比對(duì)，將比對(duì)上的reads進(jìn)行已知及新的miRNA鑒定。

miRNA表達(dá)量分析
各樣品中miRNA表達(dá)量總體分布圖能反映樣品中miRNA的整體表達(dá)水平。

差異表達(dá)miRNA聚類分析
在不同實(shí)驗(yàn)條件下篩選差異miRNA，通過將表達(dá)模式相同或相近的miRNA聚集成類，從而識(shí)別未知和已知miRNA的的調(diào)控功能。

差異miRNA維恩圖分析
不同差異組合之間差異miRNA韋恩圖可以直觀地顯示出不同比較組之間共同的和特有的差異表達(dá)miRNA的個(gè)數(shù)，從而解析不同處理組miRNA調(diào)控機(jī)制，如果只有兩個(gè)樣品時(shí)，則只進(jìn)行兩個(gè)樣本之間的韋恩圖繪制。

差異miRNA靶基因GO富集分析
通過對(duì)差異表達(dá)miRNA靶基因進(jìn)行GO富集分析，研究miRNA調(diào)控靶基因在生物過程(biological process)、 細(xì)胞組分(cellular component)和分子功能(molecular function)的富集及其功能。

差異miRNA靶基因KEGG富集分析
差異miRNA靶基因KEGG富集程度通過Rich factor、Qvalue和富集到此通路上的基因個(gè)數(shù)來衡量。enrichment factor越大，表示富集的程度越大。Qvalue值越接近于零，表示富集越顯著。挑選富集前20位的pathway條目在圖中展示，有助于解析miRNA調(diào)控靶基因功能。


常見問題 
1、Q：Small RNA測(cè)序物種適用范圍是什么？    
A：大部分Small RNA來源于基因間區(qū)，適用于有參考基因組或有轉(zhuǎn)錄組信息的物種。

2、Q：miRNA測(cè)序一般推薦數(shù)據(jù)量？    
A：普通二倍體物種一般推薦10M，多倍體物種可以測(cè)20M。

3、Q：預(yù)測(cè)的新miRNA和siRNA如何區(qū)分？    
A：miRNA和siRNA前體序列特征不同：miRNA前提要求可形成發(fā)卡結(jié)構(gòu)，而siRNA無此特征，因?yàn)榭梢酝ㄟ^這個(gè)區(qū)別來區(qū)分miRNA和siRNA。

4、Q：miRNA靶基因驗(yàn)證方法有哪些？    
A：（1）利用qPCR 驗(yàn)證測(cè)序結(jié)果       （2）采用 Northern 雜交，F(xiàn)ISH 等方法，進(jìn)一步證實(shí)候選基因的差異表達(dá)和細(xì)胞內(nèi)定位。       （3）后續(xù)開展候選基因功能驗(yàn)證，主要通過體內(nèi)體外的功能缺失或功能獲得證實(shí)候選基因與表型的相 關(guān)性，包括 RIP，RNA pull-down，Dual-Luciferase Reporter 等實(shí)驗(yàn)手段，直接驗(yàn)證 miRNA 與mRNA的調(diào)控機(jī)制。