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全轉(zhuǎn)錄組測序
全轉(zhuǎn)錄組測序可同時對同一樣本中的mRNA、miRNA、lncRNA及circRNA進行測序分析。
服務(wù)類別:測序/合成總訪問:1130
最后更新:2024-3-22半年訪問:73
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產(chǎn)品簡介
全轉(zhuǎn)錄組是特定組織或細胞在特定狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生所有RNA總和,包含編碼RNA和非編碼RNA,目前非編碼RNA研究主要集中在具有調(diào)控功能的small RNA(以miRNA為代表),長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和環(huán)狀RNA(circular RNA, circRNA)。全轉(zhuǎn)錄組測序可同時對同一樣本中的mRNA、miRNA、lncRNA及circRNA進行測序分析,快速全面準確地獲得與特定生物學(xué)過程相關(guān)的RNA及ceRNA調(diào)控機制,有助于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。

產(chǎn)品優(yōu)勢
1份總RNA,2種文庫,4種RNA分析,省時省量;
全面ceRNA關(guān)聯(lián)分析,深入探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制;
兩者、三者及四者聯(lián)合分析,發(fā)表多篇文章,性價比高;
標(biāo)準分析+個性化分析+多組學(xué)聯(lián)合分析,專業(yè)全面;
同一批樣本,可比性更強。

技術(shù)路線


結(jié)果展示
差異表達RNA分析
全基因組范圍內(nèi)的差異分析可以發(fā)現(xiàn)多組樣品之間的差異mRNA、circRNA、miRNA及l(fā)ncRNA。根據(jù)每種RNA類型的數(shù)據(jù),對差異分組之間進行差異RNA篩選,然后通過餅圖展示同一差異組合不同類型RNA所篩選出的差異RNA數(shù)目。

關(guān)鍵基因KEGG通路整合分析
根據(jù)RNA之間復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò),基于隨機游走方式選擇網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵RNA中的基因進行通路富集分析,選擇最顯著富集的前5個通路。提取這5個通路中基因與基因之間的關(guān)系整合成通路網(wǎng)絡(luò),并將關(guān)鍵基因比對到通路網(wǎng)絡(luò),更直觀展示RNA之間的調(diào)控關(guān)系。

差異基因相關(guān)靶向RNA分析
差異mRNA,差異lncRNA的所有靶基因,差異miRNA的所有靶基因,差異circRNA的所有來源基因的交集以Venn圖的形式展示,有助于快速篩選調(diào)控mRNA的非編碼RNA。

差異lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
基于ceRNA網(wǎng)絡(luò),對每個差異組合提取三者都差異的關(guān)系對,采用Cytoscape繪制網(wǎng)絡(luò)圖,篩選與表型性狀相關(guān)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。


常見問題
1、Q:全轉(zhuǎn)錄組測序物種適用范圍是什么?    
A:適用有完善參考基因組的真核生物。

2、Q:全轉(zhuǎn)錄組一般推薦數(shù)據(jù)量?    
A:普通二倍體物種一般推薦16G+10M,多倍體物種可以測16G+20M。

3、Q:全轉(zhuǎn)錄組建庫方式有幾種?    
A:有兩種建庫方案: 第一種方案:構(gòu)建2個文庫,1)去核糖體鏈特異性文庫:分析lncRNA、circRNA及mRNA;2)小RNA文庫:分析miRNA。 第二種建庫方案,構(gòu)建3個文庫,1)去核糖體鏈特異性文庫:分析lncRNA和mRNA;2)去核糖體去線性鏈特異性文庫:分析circRNA;3)小RNA文庫:分析miRNA。
 
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