ATAC-seq分析

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是使用高通量測序?qū)?Tn5 轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測序分析的一種研究技術(shù)；該技術(shù)由美國斯坦福大學(xué)的研究人員開發(fā)，2013 年首次發(fā)表在 Nature Methods（Buenrostro et al., 2013）。通過轉(zhuǎn)座酶對特定時(shí)空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割，獲得在該時(shí)空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。
ATAC-seq 技術(shù)可以進(jìn)行樣本之間差異的染色質(zhì)開放位點(diǎn)的比較，通常并不單獨(dú)使用。作為檢測表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達(dá)譜緊密相連，從靶標(biāo)基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達(dá)水平，具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)挖掘作用。此外，通過關(guān)聯(lián)基因組、外顯子，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測序信息，形成： 表觀調(diào)控-基因組-基因表達(dá)的完整調(diào)控鏈。

技術(shù)優(yōu)勢： 1.常量樣本至少需要5萬個(gè)細(xì)胞，微量樣本低至100個(gè)細(xì)胞（適用于稀有樣本） 2.技術(shù)重復(fù)性好，成功率高 3.實(shí)驗(yàn)步驟簡單，周期短 4.獲得信息量大（全基因組開放染色質(zhì)區(qū)域）

物種經(jīng)驗(yàn)： 1.多物種：多種動(dòng)植物、模式生物和非模式生物 2.多器官組織類型：健康器官、疾病模型組織 3.多樣品類型：新鮮、凍存、固定

研究應(yīng)用： 1.染色體開放性圖譜繪制(所有物種適用) 2.胚胎發(fā)育表觀遺傳修飾(胚胎學(xué)發(fā)育研究) 3.腫瘤發(fā)生表觀機(jī)制研究(腫瘤標(biāo)記及病理研究) 4.疾病潛在標(biāo)志物的預(yù)測(病理及生物標(biāo)記) 5.腫瘤異質(zhì)性或分型研究(腫瘤分型與微環(huán)境研究) 6.作物表觀修飾差異研究(包括水稻、玉米、小麥等)。