實時熒光定量PCR
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1、RNA提取 對于貼壁細胞樣本 (1)用移液器小心吸去培養(yǎng)基,加入1mL 4℃預冷的PBS溶液,小心搖晃洗去殘余培養(yǎng)基,用移液器吸盡PBS溶液,加入1mL Trizol溶液,反復吹打培養(yǎng)瓶/培養(yǎng)基底部及四周,將細胞充分吹打到Trizol中。加入250μL三氯甲烷,充分混勻,冰上靜置5min。 (2)混合液4℃,10000g,10min離心。超凈工作臺中小心吸取上清500μL于1.5mL EP管中,加入等體積4℃預冷的異丙醇,顛倒混勻,-20℃靜置15min。 (3)溶液4℃,10000g,10min離心,小心倒掉液體,加入1mL 4℃預冷的75%乙醇,顛倒數(shù)次,清洗RNA沉淀,4℃,10000g,5min離心,倒掉液體,于超凈工作臺中干燥數(shù)分鐘,將乙醇充分揮發(fā)干凈,加入10μL RNase-Free Water,充分溶解RNA。 對于懸浮細胞樣本 (1)低速離心收集細胞,加入適當體積的冷卻的PBS緩沖液重懸,300g離心10 min,吸除上清。重復以上操作兩次,收集細胞沉淀。加入1mL Trizol溶液,反復吹打?qū)⒓毎浞执荡虻絋rizol中加入250μL三氯甲烷,充分混勻,冰上靜置5min。 (2)混合液4℃,10000g,10min離心。超凈工作臺中小心吸取上清500μL于1.5mL EP管中,加入等體積4℃預冷的異丙醇,顛倒混勻,-20℃靜置15min。 (3)溶液4℃,10000g,10min離心,小心倒掉液體,加入1mL 4℃預冷的75%乙醇,顛倒數(shù)次,清洗RNA沉淀,4℃,10000g,5min離心,倒掉液體,于超凈工作臺中干燥數(shù)分鐘,將乙醇充分揮發(fā)干凈,加入10μL RNase-Free Water,充分溶解RNA。 對于組織樣本 (1)標本于-80℃或液氮中保存,用已經(jīng)消毒的工具于冰上取約100mg組織,于1mL 預冷的Trizol中充分研磨,勻漿液小心倒入1.5mL EP管中,加入250μL三氯甲烷,充分混勻,冰上靜置5min。 (2)混合液4℃,10000g,10min離心。超凈工作臺中小心吸取上清500μL 于1.5mL EP管中,加入等體積4℃預冷的異丙醇,顛倒混勻,-20℃靜置15min。 (3)溶液4℃,10000g,10min離心,小心倒掉液體,加入1mL 4℃預冷的75%乙醇,顛倒數(shù)次,清洗RNA沉淀,4℃,10000g,5min離心,倒掉液體,于超凈工作臺中干燥數(shù)分鐘,將乙醇充分揮發(fā)干凈,加入10μL RNase-Free Water,充分溶解RNA。 對于血液樣本 (1)取500μL全血于15mL離心管中,加入10倍體積紅細胞裂解液,混勻,室溫避光靜置10min。 (2)室溫,300g,離心10min,棄上清,重復步驟(1),室溫,300g,離心10min,棄上清。 (3)PBS重懸細胞沉淀,室溫,300g,離心10min,棄上清,100μL PBS重懸細胞,加入1mL Trizol,混勻,靜置5min,加入250μL三氯甲烷,充分混勻,冰上靜置5min。 (4)混合液4℃,10000g,10min離心。超凈工作臺中小心吸取上清500μL 于1.5mL EP管中,加入等體積4℃預冷的異丙醇,顛倒混勻,-20℃靜置15min。 (5)溶液4℃,10000g,10min離心,小心倒掉液體,加入1mL 4℃預冷的75%乙醇,顛倒數(shù)次,清洗RNA沉淀,4℃,10000g,5min離心,倒掉液體,于超凈工作臺中干燥數(shù)分鐘,將乙醇充分揮發(fā)干凈,加入10μL RNase-Free Water,充分溶解RNA。 2、第一鏈cDNA合成 第一鏈cDNA的合成采用PrimeScript™RT reagent Kit with gDNA Eraser進行(TaKaRa公司),主要步驟如下: (1)在冰上配置如下反應(yīng)液,以除去基因組DNA。
PCR儀上42℃ 2 min 4℃ (2)在冰上配置如下反應(yīng)液
PCR儀上37℃ 15 min 85℃ 5 sec 4℃ 3、熒光定量PCR 實時熒光定量PCR是在Life technologies公司的StepOne™ Real-Time PCR儀上完成,每個樣品均作3個復孔,使用SYBR® Premix Ex Taq™試劑盒進行(TaKaRa公司): (1)反應(yīng)程序為:預變性 95℃,1min 循環(huán)(40次) 95℃,15s→58℃,20s→72℃,45s 熔解曲線 60℃→95℃,每20s升溫1℃ (2)反應(yīng)體系為:
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引物名稱 | 引物序列 | 產(chǎn)物長度(bp) | |
Forward | 5`--3` | ||
reverse | 5`--3` | ||
5`--3` | |||
5`--3` |