植物內(nèi)生菌宏基因組研究

植物內(nèi)生菌中可培養(yǎng)的微生物種類十分有限,宏基因組學(xué)(metagenomics)是研究植物內(nèi)生菌的有效手段之一。

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植物內(nèi)生菌中可培養(yǎng)的微生物種類十分有限,宏基因組學(xué)(metagenomics)是研究植物內(nèi)生菌的有效手段之一。植物內(nèi)生菌宏基因組研究通過不依賴于純培養(yǎng)的宏基因組學(xué)(metagenomics)研究方法,構(gòu)建植物內(nèi)生菌的宏基因組文庫,并從該文庫中直接篩選獲得生物合成基因簇,進(jìn)一步鑒定其功能, 對植物內(nèi)生菌進(jìn)行定性及定量分析，為植物的微生物起源提供直接的證據(jù)。

技術(shù)優(yōu)勢：

超深度檢測：提取的全宏基因組DNA建立隨機(jī)小片段文庫，避免了目的片段的PCR過程，降低bias，隨機(jī)測序，獲取更豐富的序列信息。
植物組織表面菌處理：通過實(shí)驗(yàn)方法去除植物外表面菌株污染，準(zhǔn)確測序植物內(nèi)生菌種類、豐富及互作關(guān)系，真實(shí)還原構(gòu)建微生態(tài)系統(tǒng)的功能網(wǎng)絡(luò)。
16S全長檢測：植物內(nèi)生菌提取DNA后，通過16S全長擴(kuò)增，質(zhì)控內(nèi)生菌提取效果。

研究方向：
植物內(nèi)生菌宏基因組學(xué)研究為植物微生物起源、植物的營養(yǎng)和抗病育種提供內(nèi)生菌角度的新策略。

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