Visium HD | 空間基因表達(dá)

無偏好性的單細(xì)胞分辨率

此次發(fā)布的 VisiumHD 芯片摒棄了以大直徑 55um 的 spot 設(shè)計(jì)，而是采用 2 *2um 的正方形當(dāng)做基礎(chǔ)分析單位，芯片中間沒有空隙。真正的能夠做到無間隙，無偏好性的單細(xì)胞分辨率水平的空間轉(zhuǎn)錄組。目前 HD 芯片發(fā)布捕獲框大小是 6.5*6.5mm 的規(guī)格，可檢測物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。

▲Visium HD  空間基因表達(dá)玻片包含兩個(gè) 6.5 x 6.5 mm 的捕獲區(qū)

▲Visium HD  空間基因表達(dá)玻片的捕獲區(qū)含有約 1100 萬個(gè) 2 x 2 µm 連續(xù)區(qū)塊，實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞水平的空間分辨率。

Visium

Visium HD

搭載 Visium CytAssist 獲得最好的數(shù)據(jù)  

Visium HD 將強(qiáng)大的全轉(zhuǎn)錄組空間基因表達(dá)與單細(xì)胞尺度分辨率結(jié)合起來，來發(fā)現(xiàn)每一微米組織中獨(dú)特的生物學(xué)特性。同時(shí)啟用 CytAssist  儀器，讓樣本在簡單的運(yùn)行工作流中獲得最好的數(shù)據(jù)。

▲全轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞分辨率、連續(xù)覆蓋

▲通過 Visium CytAssist 實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的轉(zhuǎn)錄本定位

▲通過高分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來增強(qiáng) H & E 或 IF 成像后的樣本。

▲從 FFPE 組織塊或載玻片上的組織切片中獲得強(qiáng)大的數(shù)據(jù)

▲兼容 H & E 染色以及 IF 染色 Visium HD 空間基因表達(dá)兼容 H &E 染色以及 IF 染色。

（可在同一組織切片上進(jìn)行高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析）

Visium HD  芯片與基礎(chǔ)芯片技術(shù)比較

  每微米都蘊(yùn)藏著無限的探索潛力

這份 FFPE 人類乳腺導(dǎo)管原位癌樣本的 Visium HD 分析構(gòu)建了 一張無偏的全轉(zhuǎn)錄組圖譜，并鑒定出腫瘤微環(huán)境中的主要 細(xì)胞類型和狀態(tài)。

H&E 染色結(jié)果

Visium HD 基因表達(dá)數(shù)據(jù)

▲自信地繪制血管等小型生物結(jié)構(gòu)中細(xì)胞類型的空間排布。

帶有癌癥區(qū)域（黃色）和免疫富集區(qū)域 （青色）的病理學(xué)注釋的 H & E 染色結(jié)果

Visium HD 基因表達(dá)數(shù)據(jù)

▲定位組織駐留細(xì)胞群，包括免疫細(xì)胞或癌細(xì)胞，以發(fā)現(xiàn)它們的相互作用以及對疾病或治療應(yīng)答的貢獻(xiàn)。

直觀的數(shù)據(jù)探索加速科學(xué)發(fā)現(xiàn)

Visium HD 數(shù)據(jù)是以 2  µm 以及多種拼接尺寸輸出的。上圖中的數(shù)據(jù)是在  8 µm 下可視化的。

• 利用 Space Ranger 的一組分析流程來處理 Visium HD 空間 基因表達(dá)數(shù)據(jù)以及明場和熒光顯微鏡圖像。
• 利用 Loupe Browser 對數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化和探索。
• 利用不斷擴(kuò)大的第三方開發(fā)的 R 和 Python 工具生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)對 Visium HD 數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

數(shù)據(jù)分析：Space Ranger & Loupe Browser

Visium HD 具備一體化的數(shù)據(jù)分析模式，使用 Space Ranger，可自動(dòng)將空間基因表達(dá)信息疊加在組織圖像上，將原始 fastQ 數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控，比對，定量等步驟后轉(zhuǎn)為 gene 表達(dá)矩陣，供分析人員進(jìn)行二級分析。還可以使用 Loupe Browser 進(jìn)一步可視化和探索 Visium HD 的數(shù)據(jù)，同時(shí)兼容 R 和 Python 開發(fā)的生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)分析 Visium HD 數(shù)據(jù)。