我們將測(cè)序結(jié)果進(jìn)行比對(duì)和分析,確定tag代表的基因,用于后續(xù)分析。
結(jié)果樣板:
對(duì)樣品之間進(jìn)行差異基因篩選。篩選到表達(dá)有差異變化的基因。然后對(duì)變化基因的趨勢(shì)進(jìn)行歸類,以方便分析和描述。實(shí)例如下圖:
我們將通過曲線擬合的方法,尋找樣品之間趨勢(shì)差異最大的一些基因:
對(duì)于每一種表達(dá)趨勢(shì)的基因,選擇性的進(jìn)gene ontology:功能分析。 將差異表達(dá)的所有基因向gene ontology數(shù)據(jù)庫(kù)的各節(jié)點(diǎn)映射。計(jì)算每個(gè)節(jié)點(diǎn)的基因數(shù)目,并結(jié)合整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的基因作為背景分部,對(duì)于每個(gè)節(jié)點(diǎn),得到一個(gè)2x2的表格,使用超幾何分布檢驗(yàn)基因在每個(gè)GO節(jié)點(diǎn)的富集或貧乏程度。
與GO分析類似,我們同樣將差異基因使用GenMAPP v2.1向KEGG pathway和BioCarta數(shù)據(jù)庫(kù)映射。通過統(tǒng)計(jì)方案,找到統(tǒng)計(jì)上最有意義的pathway。
通過整合PubMed text mining,同源預(yù)測(cè),基因neighbor,蛋白-蛋白相互作用,基因融合等數(shù)據(jù),建立一個(gè)all differentially expressed genes in a single plot的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。這是一種已有知識(shí)驅(qū)動(dòng)的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建.。
利用相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子(TF)數(shù)據(jù)庫(kù),將差異基因的啟動(dòng)子(基因第一個(gè)外顯子上游1000bp)提取出來(lái)。我們使用HsPD 提供的啟動(dòng)子序列。轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)使用TRANSFAC 7.0 public。轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)使用pwmatch 程序,對(duì)每個(gè)轉(zhuǎn)錄因子分析其在上調(diào)基因和下調(diào)基因的分布情況,利用chi-square test 尋找有差異的轉(zhuǎn)錄因子。
基本流程:
基本方法:同八
我們對(duì)無(wú)法注釋的tag(un-annotated list)進(jìn)行基因組定位,并提取上下文序列。利用同源預(yù)測(cè)或者從頭預(yù)測(cè)程序進(jìn)行基因預(yù)測(cè)。一般來(lái)講,同源預(yù)測(cè)的可靠性較高。而從頭預(yù)測(cè)算法假陽(yáng)性較高。
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上海敏芯信息科技有限公司
上海敏芯信息科技有限公司成立于2006年10月,是國(guó)內(nèi)知名的生物信息學(xué)服務(wù)提供商。隨著業(yè)務(wù)擴(kuò)展,公司已經(jīng)發(fā)展成為國(guó)內(nèi)第一家專業(yè)提供系統(tǒng)生物學(xué)服務(wù)的高科技企業(yè),提供包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)相關(guān)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)檢測(cè)、數(shù)據(jù)分析、結(jié)果驗(yàn)證及論文修改的全面解決方案。公司已獲得國(guó)家及上海市中小企業(yè)創(chuàng)新基金、上海市科技創(chuàng)新行動(dòng)計(jì)劃、上海市大學(xué)生創(chuàng)業(yè)基金、上海市專利試點(diǎn)企業(yè)、上海市技術(shù)成果轉(zhuǎn)化認(rèn)證、上海市楊浦區(qū)人才資助資金等多項(xiàng)國(guó)家及省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)。
具體業(yè)務(wù)包括:
-基因芯片:表達(dá)譜芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析
- 高通量測(cè)序:miRNA測(cè)序、mRNA測(cè)序、基因組重測(cè)序、甲基化測(cè)序、ChIP-Seq等實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析
-蛋白質(zhì)組學(xué):蛋白質(zhì)芯片(SELDI)、細(xì)胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等
- 代謝組學(xué):液質(zhì)聯(lián)用(LC-MS)、氣質(zhì)聯(lián)用(GC-MS)及核磁共振(NMR)的實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析
- 文獻(xiàn)挖掘:提供基于pubmed數(shù)據(jù)庫(kù)的關(guān)鍵詞搜索服務(wù)
- 生物信息培訓(xùn):定期舉辦綜合性生物信息培訓(xùn)班,并提供上門培訓(xùn)服務(wù)及隨到隨學(xué)班
u 專利代理:提供生命科學(xué)領(lǐng)域的專利寫作、專利潤(rùn)色及專利申請(qǐng)服務(wù)
- 實(shí)驗(yàn)服務(wù):引物設(shè)計(jì)、RT-PCR、3730測(cè)序、Western Blot、2D-MS等
目前,公司國(guó)內(nèi)外客戶已超過500家,合作發(fā)表了50多篇高影響因子的SCI(影響因子累計(jì)超過100分),并參與多項(xiàng)國(guó)家科研項(xiàng)目的申請(qǐng)與實(shí)施。