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多重SNaPshot SNP分型技術
在一個含有測序酶,四種熒光標記的ddNTP,緊挨多態(tài)位點5’端的不同長度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應體系中,引物延伸一個堿基即終止,經(jīng)ABI測序儀跑膠后,根據(jù)峰的顏色可知摻入的堿基種類,從而確定該樣本的基因型,根據(jù)峰移動的膠位置確定該延伸產(chǎn)物對應的SNP位點。
服務類別:測序/合成總訪問:6868
最后更新:2009-12-21半年訪問:39
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分型原理
該技術由美國應用生物公司(ABI)開發(fā),主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶,四種熒光標記的ddNTP,緊挨多態(tài)位點5’端的不同長度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應體系中,引物延伸一個堿基即終止,經(jīng)ABI測序儀跑膠后,根據(jù)峰的顏色可知摻入的堿基種類,從而確定該樣本的基因型,根據(jù)峰移動的膠位置確定該延伸產(chǎn)物對應的SNP位點。對于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。整個技術的示意圖如下:
 

Multiplex SNaPshot 單堿基延伸

 

方法特點:

  1. 分型準確:該技術也稱小測序技術,其準確度僅亞于直接測序。
  2. 多位點同時檢測:可以同時檢測達12個位點,而RFLP及Taqman一次僅能檢測一個。
  3. 不受SNP位點多態(tài)特性限制: 不管該位點是G/C, A/T, G/A, C/T還是插入/缺失多態(tài),都可以放在一個體系中檢測,而SNPstream則不適合這種組合。
  4. 不受樣本量的限制:而Taqman及SNPsteam對少量樣本不適合。
  5. 可以檢測出受污染的樣本:如果一個樣本的分型峰譜偏離正常的分布,它可以提示該樣本可能受到污染或濃度過低,而其它分型方法則不能做到這一點

應用對象:多個SNP位點(≥8個)的分型項目,樣本量可以幾十個到上千個

客戶需要提供: DNA樣本以及需要檢測的SNP位點信息(也可以只是具體基因區(qū)域,位點由我們挑選或推薦)

我們提供的服務內容:
1)課題的設計咨詢包括檢測位點的選取;
2)DNA樣本的質檢與標化;
3)SNP分型所用引物的設計、合成與優(yōu)化;
4)Multiplex SNaPshot SNP分型;
5)分型數(shù)據(jù)的質量評估。
注:對于質量保證的樣本,SNP分型檢出率98%以上。

提供給客戶的結果報告將包括原始數(shù)據(jù)文件、實驗步驟、分型結果以及質量評估報告等

完成期限:對于一個組合(8-12個SNP位點),引物設計、合成與優(yōu)化需10個工作日;1000個樣本分型一個組合15個工作日

檢測費用:請來電詢價
實例:
A) 12個SNP位點的分型圖

Multiplex SNaPshot 單堿基延伸

 

B) 單個位點分析圖(位點RSxxxxxx
樣本1, 基因型A/A
Multiplex SNaPshot 單堿基延伸
樣本2, 基因型G/G
Multiplex SNaPshot 單堿基延伸
樣本3, 基因型G/A
Multiplex SNaPshot 單堿基延伸

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