DNA甲基化分析:
DNA的甲基化修飾是基因表達(dá)調(diào)控的一種重要手段,基因組DNA甲基化分布的有序建立和維持對(duì)保證個(gè)體正常發(fā)育至關(guān)重要,相反,如果這套甲基化調(diào)控機(jī)制出現(xiàn)問題,細(xì)胞功能將發(fā)生異常,可能導(dǎo)致細(xì)胞癌變,因此基因甲基化研究是腫瘤機(jī)制研究中的一大熱點(diǎn)。
DNA的甲基化主要發(fā)生在CpG島(對(duì)于GC%含量>57%,片段長度>250bp的DNA片段定義為CpG島),其甲基化狀態(tài)的確定主要是通過甲基化測(cè)序來實(shí)現(xiàn):樣本經(jīng)亞硫氫酸鹽處理后,甲基化的胞嘧啶(C)保持不變,但非甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化成脲嘧啶,因此在利用該處理產(chǎn)物作為模板的PCR產(chǎn)物中,甲基化的胞嘧啶還是胞嘧啶,但非甲基化胞嘧啶變成了脲嘧啶(胸腺嘧啶),通過測(cè)序?qū)Ρ群苋菀卓闯瞿康钠瑪嘀心男┌奏な羌谆,哪些沒有,而且還可以用定量PCR的方法對(duì)甲基化的比例作初步分析。
單個(gè)基因的DNA甲基化分析
服務(wù)內(nèi)容描述;提供單基因已知位點(diǎn)的甲基化分析,通過對(duì)亞硫氫酸鹽處理前和處理后的樣品的測(cè)序或定量PCR分析獲得DNA甲基化的位點(diǎn)信息。
客戶方提供:組織細(xì)胞樣品或抽提好的基因組DNA。
服務(wù)方提供:PCR電泳圖譜、測(cè)序和定量原始數(shù)據(jù)等。
質(zhì)控驗(yàn)收標(biāo)準(zhǔn):測(cè)序圖譜或定量原始數(shù)據(jù)等。
甲基化芯片分析:
針對(duì)所有的CpG島設(shè)計(jì)探針序列制作成芯片,如Nimblegen的人的甲基化芯片,設(shè)計(jì)CpG島46957個(gè),比通常認(rèn)為的人類全基因組約28000個(gè)CpG島還多了60%,是為了覆蓋人類全基因組所有的CpG島及把有可能做為調(diào)控元件的富含CG位點(diǎn)的片段都包含進(jìn)來,并通過甲基化片段特異性結(jié)合蛋白或抗體將甲基化位點(diǎn)片段富集起來,通過芯片雜交就能獲得全面的甲基化信息。
應(yīng)用:
l 全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)甲基化位點(diǎn)。
l 研究啟動(dòng)子甲基化對(duì)基因的調(diào)控
l 比較不同細(xì)胞、組織、腫瘤的甲基化圖譜
服務(wù)內(nèi)容描述;通過對(duì)照樣品和目標(biāo)樣品的對(duì)照雜交分析獲得基因組水平的DNA甲基化的表觀遺傳數(shù)據(jù)?蛇x用的芯片有Agilent和Roche的Nimblegen甲基化芯片,并提供后期的單個(gè)基因的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)。
客戶方提供:組織細(xì)胞樣品或抽提好的基因組DNA。
服務(wù)方提供:樣品質(zhì)控?cái)?shù)據(jù),芯片雜交數(shù)據(jù)庫附光盤。
質(zhì)控驗(yàn)收標(biāo)準(zhǔn):樣品質(zhì)控?cái)?shù)據(jù)、芯片內(nèi)部質(zhì)控?cái)?shù)據(jù)。
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