福爾馬林固定、石蠟包埋(FFPE)組織切片的存檔代表了珍貴且來源廣泛的生物醫(yī)學(xué)研究材料。隨著越來越多的研究人員轉(zhuǎn)向 FFPE 樣品的分子分析,開發(fā)特定的操作步驟,考慮這些樣品的獨(dú)特性質(zhì)就變得越來越重要。QIAGEN 在 FFPE 樣本純化及下游檢測(cè)整個(gè)流程中都提供完善的解決方案。 | |||||||||||||
QIAamp DNA FFPE Tissue Kit —— 從石蠟包埋組織中純化基因組 DNA
使用QIAamp DNA FFPE Tissue Kit,從不同的FFPE組織樣本中純化基因組DNA。采用real-time定量PCR擴(kuò)增prnp基因(78 bp、464 bp和727 bp)產(chǎn)物 |
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RNeasy FFPE Kit —— 從石蠟包埋組織中純化總 RNA
從樣本中去除石蠟后,在優(yōu)化的裂解緩沖液中,采用蛋白酶K酶切,只需15分鐘即可完成樣本裂解,且不影響RNA的產(chǎn)量。裂解后,將樣本置于80ºC孵化15分鐘,逆轉(zhuǎn)福爾馬林交聯(lián)。然后使用DNase和DNase Booster Buffer高效去除基因組DNA,包括FFPE樣本中的小DNA片段。最后,使用RNeasy MinElute離心柱純化濃縮的RNA。RNA的洗脫體積僅為14–30 µl,因此可以減少下游操作中的反應(yīng)體積。 |
圖2 RNeasy FFPE實(shí)驗(yàn)流程。 | ||||||||||||
使用RNeasy FFPE Kit從大鼠腎臟中純化總RNA。在Rotor-Gene Q實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析儀上,使用(+RT)或不使用(-RT)逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行PGK1(磷酸甘油酸激酶1)的real-time RT-PCR分析。-RT曲線證明,使用RNeasy FFPE Kit純化的RNA中幾乎不含基因組DNA。 miRNeasy FFPE Kit —— 從石蠟包埋組織純化包含 miRNA 的總 RNA
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圖3 來自FFPE樣本的成功的real-time RT-PCR分析。 | ||||||||||||
采用福爾馬林固定大鼠肝臟組織24小時(shí)或60小時(shí),然后使用miRNeasy FFPE Kit純化包括miRNA在內(nèi)的總RNA。使用miScript PCR System和純化的RNA作為模板進(jìn)行定量real-time RT-PCR分析,檢測(cè)miRNA miR-16和miR-29a以及PGK1基因的較大mRNA。結(jié)果顯示,從同一洗脫液中可同時(shí)檢測(cè)到上述兩種miRNA和mRNA。 產(chǎn)品列表:
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圖4 高效的real-time RT-PCR。 | ||||||||||||
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