高通量篩選技術(shù)應(yīng)用于神經(jīng)退行性疾病相關(guān)藥物篩選的實(shí)例
瀏覽次數(shù):385 發(fā)布日期:2024-1-29
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由于全球的老齡化趨勢加劇,神經(jīng)退行性疾病 (NDDs) 的患病風(fēng)險(xiǎn)逐漸升高,對 NDDs 病理靶標(biāo)的發(fā)現(xiàn)及確認(rèn)更是挑戰(zhàn)滿滿。高通量篩選技術(shù)在神經(jīng)退行性疾病中的大量應(yīng)用無疑加快了相關(guān)藥物的開發(fā)速度。今天我們就一起來了解一下吧~
神經(jīng)退行性疾病 (Neurodegenerative diseases, NDDs) 是由中樞神經(jīng)系統(tǒng)或周圍神經(jīng)系統(tǒng)神經(jīng)元功能喪失,導(dǎo)致其功能障礙的一類神經(jīng)系統(tǒng)疾病,通過影響記憶、認(rèn)知、行為、感覺和運(yùn)動功能,嚴(yán)重影響數(shù)百萬患者的日常生活。
Tips:
高通量篩選利用自動化系統(tǒng)能夠同時測試數(shù)千至數(shù)百萬個樣品,可在模型生物、細(xì)胞、或分子水平上驗(yàn)證生物活性,篩選已知結(jié)構(gòu)的小分子化合物、化學(xué)混合物、天然產(chǎn)物、寡核苷酸和抗體等等。
本期由小 M 帶著大家一起從 NDDs 的病理標(biāo)志出發(fā),學(xué)習(xí)一下高通量篩選在神經(jīng)退行性疾病研究中的一些實(shí)例吧!
據(jù) Wilson DM 3rd 在 Cell 上發(fā)表的綜述“Hallmarks of neurodegenerative diseases ”報(bào)道,NDDs 的標(biāo)志主要分為八大類:病理性蛋白的聚集、突觸和神經(jīng)元網(wǎng)絡(luò)功能障礙、蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)失衡、神經(jīng)元細(xì)胞骨架異常、能量穩(wěn)態(tài)失衡、脫氧核糖核酸和核糖核酸缺陷、炎癥、神經(jīng)元細(xì)胞死亡[1]。而這些標(biāo)志也是開發(fā) NDDs 相關(guān)藥物的重要著手點(diǎn)。本期小 M 為大家主要介紹 NDDs 的其中三大病理標(biāo)志。
圖 1. 神經(jīng)退行性疾病的分子學(xué)標(biāo)志[1]。
首先咱們來說說作為 NDDs 關(guān)鍵病理標(biāo)志之一的病理性蛋白的聚集。病理性蛋白的過度聚集具有神經(jīng)毒性,會影響神經(jīng)系統(tǒng)的正常功能。例如,在帕金森疾病中,大腦內(nèi) alpha-synuclein (α-syn) 異常沉積形成路易小體;阿爾茲海默癥中,β-淀粉樣蛋白 (Aβ) 沉積導(dǎo)致的淀粉樣斑塊,Tau 微管結(jié)合蛋白磷酸化后形成神經(jīng)元纖維纏結(jié)等。
接下來,我們就以 Tau 蛋白抑制劑的高通量篩選試驗(yàn)為例更直觀地感受一下吧~
▐ 應(yīng)用:Tau 蛋白抑制劑的篩選
相較于傳統(tǒng)的藥物篩選,Dehdashti SJ 等人運(yùn)用均相時間分辨熒光技術(shù) (Homogeneous Time-Resolved Fluorescence, HTRF) 和 AlphaLISA 實(shí)驗(yàn)進(jìn)行了快速、高效的高通量篩選,最終從 1280 個化合物中篩選出了 4 個能夠抑制 SH-SY5Y 細(xì)胞中 Tau 蛋白水平的先導(dǎo)化合物,加快了 NDDs 中 Tau 蛋白抑制劑的篩選速度[2]。
圖 2. AlphaLISA 和 HTRF 法檢測 Tau 蛋白含量[2]。
(A) tau 蛋白測定的分步程序。將 SH-SY5Y 細(xì)胞接種在測定板中并孵育 4 小時,然后添加化合物。與化合物一起孵育 3 天后,裂解細(xì)胞并添加檢測試劑 (AlphaLISA 或 HTRF)。孵育 2 小時后,使用讀板器捕獲信號。(B) AlphaLISA tau 測定原理圖示。(C) HTRF 測定原理圖示。
多種神經(jīng)退行性疾病中有毒蛋白聚集體的積累與自噬-溶酶體途徑(Autophagy-Lysosome Pathway, ALP,真核細(xì)胞中維持蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)的途徑之一)的缺陷有關(guān),通過調(diào)節(jié)溶酶體功能的主調(diào)節(jié)因子 TFEB 可以改善多種神經(jīng)退行性疾病模型的疾病表型。
▐ 應(yīng)用:TFEB /TFE3 的激酶調(diào)節(jié)因子篩選
今年 2 月,Carling PJ 等人使用高通量篩選從激酶抑制劑庫中發(fā)現(xiàn)了具有神經(jīng)保護(hù)作用的 TFEB 和 TFE3 的激酶調(diào)節(jié)因子。經(jīng)過進(jìn)一步的機(jī)制研究,作者發(fā)現(xiàn)喹唑啉結(jié)構(gòu)類似物通過上調(diào) CLEAR 基因的轉(zhuǎn)錄,清除 Huntingtin (HTT) 聚集體,從而調(diào)節(jié)溶酶體功能發(fā)揮抗神經(jīng)損傷作用[3]。
圖 3. 高通量篩選 TFEB 和 TFE3 的激酶調(diào)節(jié)因子[3]。
(A) 在所有測定中以 1 µM 篩選 490 種 PKIS2 化合物,并通過級聯(lián)分析來鑒定無毒化合物。(B) AK 釋放和 (C) 免疫細(xì)胞化學(xué)圖像的核計(jì)數(shù)用于評估細(xì)胞毒性。(D) 活性溶酶體計(jì)數(shù)和 (E) 通過 DQ Red BSA 測定測量的校正熒光強(qiáng)度用于評估溶酶體毒性。對于 (F) 核 TFEB (% nTFEB) 和/或 (G) 核 TFE3 (% nTFE3) 易位?偣泊_定了 74 個陽性命中。
初篩時,作者使用 AK 含量測定發(fā)光試劑盒檢測了化合物 (1 μM) 對人誘導(dǎo)多能干細(xì)胞 (hiPSC) 中腺苷酸激酶 (Adenylate kinase, AK) 含量變化 (圖 3 B,C),通過 DQ™ Red BSA 試劑檢測溶酶體活性情況 (圖 3 D,E)。根據(jù) AK 含量和溶酶體活性結(jié)果,作者剔除了能夠誘導(dǎo)細(xì)胞毒性或線粒體毒性的化合物。
復(fù)篩時,作者使用免疫細(xì)胞化學(xué)法 (ICC) 測定了不同化合物 (0.01-2 μM) 對 TFEB 和 TFE3 入核情況的影響 (圖 3 F,G),篩選出了 74 種能夠顯著促進(jìn) TFEB 或 TFE3 入核的化合物[3]。
神經(jīng)元是一類對能量要求比較高的活躍細(xì)胞,能量代謝的紊亂會極大程度的影響神經(jīng)元的正常功能,導(dǎo)致 NDDs 疾病的發(fā)生。煙酰胺腺嘌呤二核苷酸 (NAD) 是能量代謝過程中的一種重要輔酶,在維持神經(jīng)元健康中發(fā)揮重要作用。
▐ 靶向 NAMPT 的小分子激活劑篩選
Hong Yao 等人根據(jù) NAD 代謝調(diào)控神經(jīng)退行性疾病這一科學(xué)熱點(diǎn),通過高通量篩選和基于靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì),篩選出了靶向NAMPT (Nicotinamide Phosphoribosyl Transferase, 煙酰胺磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶,是 NAD 合成的一大關(guān)鍵限速酶) 的小分子激活劑 (NAT),實(shí)驗(yàn)結(jié)果證明 NAT 能夠通過促進(jìn) NAD 的生物合成,發(fā)揮神經(jīng)保護(hù)作用[4]。
圖 4. 高通量篩選鑒定一種新的NAMPT 激活劑[4]。
(A) 高通量篩選 NAMPT 激動劑的程序示意圖。(B) 三偶聯(lián)的 NAMPT 酶反應(yīng)在室溫下用 DMSO 或 10 μM 的 NAT 進(jìn)行 20 分鐘,開始時加入或不加入 NAM。(C) 在指定濃度的 NAT 或 NAT-5r 存在下進(jìn)行 NMNAT1 酶測定。
首先,作者通過高通量篩選體外重組酶實(shí)驗(yàn)篩選出了數(shù)個能激活 NAMPT 的小分子。從中,作者選擇了能強(qiáng)烈刺激 NAMPT 活性,但在 NMNAT (Nicotinamide Nucleotide Adenylyltransferas, 煙酰胺核苷酸腺苷酸轉(zhuǎn)移酶) 測定實(shí)驗(yàn)中沒有活性的小分子化合物 NAT。
接著,為改善 NAT 的藥理學(xué)性質(zhì),作者對 NAT 進(jìn)行了結(jié)構(gòu)修飾和優(yōu)化,共合成 81 種 NAT 衍生物。最后,作者在細(xì)胞水平及動物水平中驗(yàn)證 NAT 化合物的作用機(jī)制,發(fā)現(xiàn) NAT-5r 通過有效提高細(xì)胞內(nèi) NAD 水平,并誘導(dǎo)隨后的代謝和轉(zhuǎn)錄重編程過程,從而發(fā)揮神經(jīng)保護(hù)作用。
這次小 M 從 NDDs 的病理特征出發(fā),列舉了三個高通量篩選技術(shù)應(yīng)用于神經(jīng)退行性疾病相關(guān)藥物篩選的實(shí)例,生動的講述了高通量篩選技術(shù)從理論到實(shí)際操作的一個運(yùn)用,各位小伙伴們學(xué)會了嘛~
神經(jīng)退行性疾病化合物庫
1,900+ 具有抗神經(jīng)退行性活性的化合物或靶向神經(jīng)退行性疾病主要靶點(diǎn) (Amyloid-β,Dopamine Receptor,COMT 等)的化合物。 |
抗帕金森病化合物庫
1,100+ 具有抗帕金森病活性的化合物及靶向帕金森病主要靶點(diǎn) (Dopamine Receptor,LRRK2,5-HT Receptor 等) 的化合物。 |
神經(jīng)信號化合物庫
2,300+ 神經(jīng)信號相關(guān)的小分子化合物,主要靶向 G 蛋白偶聯(lián)受體 (GPCRs) 和 Notch 信號,是研究神經(jīng)調(diào)控及神經(jīng)疾病的有用工具。 |
神經(jīng)保護(hù)化合物庫
900+ 具有潛在神經(jīng)保護(hù)作用的化合物,主要靶向神經(jīng)保護(hù)通路中的主要靶點(diǎn),如鈣離子通道,鈉離子通道,腺苷 A1 受體等。 |
神經(jīng)遞質(zhì)受體化合物庫
1,600+ 神經(jīng)遞質(zhì)受體相關(guān)的化合物,是神經(jīng)系統(tǒng)疾病藥物篩選的有效工具。 |
可透過中樞神經(jīng)系統(tǒng)化合物庫
800+ 被明確報(bào)道可以透過血腦屏障的小分子化合物,是開發(fā)腦部疾病藥物如腦瘤、精神障礙和神經(jīng)退行性疾病等有效的工具。
5-羥色胺受體化合物庫
200+ 5-羥色胺 (5-HT) 受體抑制劑及激動劑,可用于多種精神類藥物的開發(fā)。 |
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參考文獻(xiàn):
[1] Wilson DM 3rd, et al. Hallmarks of neurodegenerative diseases. Cell. 2023 Feb 16;186(4):693-714.
[2] Dehdashti SJ, et al. A high-throughput screening assay for determining cellular levels of total tau protein. Curr Alzheimer Res. 2013 Sep;10(7):679-87.
[3] Carling PJ, et al. Multiparameter phenotypic screening for endogenous TFEB and TFE3 translocation identifies novel chemical series modulating lysosome function. Autophagy. 2023 Feb;19(2):692-705.
[4]Yao H, et al. Discovery of small-molecule activators of nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT) and their preclinical neuroprotective activity. Cell Res. 2022 Jun;32(6):570-584.