RNA干擾實驗的常見問題及其解決方案

RNA 干擾技術是研究基因功能的一種強大工具，這種技術有可能直接從源頭上讓致病基因“沉默”。今天就讓我們一起來學習如何做 RNA 干擾實驗！

RNA干擾 (RNA interference, RNAi) 是指一種高度保守的細胞機制，其中Argonaute (Ago) 家族蛋白結合小 RNA，通過小 RNA 和靶 RNA 之間的序列互補性觸發(fā)較長 RNA (即靶 RNA) 的降解。RNAi 機制首次由 Andrew Z. Fire、Craig C. Mello 及其同事在線蟲 (Caenorhabditis elegans) 中描述，也因此獲得了 2006 年諾貝爾生理學或醫(yī)學獎。

自發(fā)現(xiàn)以來，RNAi 已迅速發(fā)展成為一種強大的反向遺傳學工具，用于在細胞和生物體水平上研究基因功能、調控和相互作用。在昆蟲和其他動物中，已知有三類不同的小 RNA 可觸發(fā)三條相應的 RNAi 途徑：siRNAs、miRNAs 以及 piRNAs。
接下來 為大家介紹 siRNA 干擾途徑！


siRNA 是一種小的雙鏈 RNA (dsRNA)，約有 20-25 個核苷酸長度，可以觸發(fā) RNA 干擾機制。長雙鏈 RNA 在被 Dcr2 與 R2D2 或 Loqs 切割成短雙鏈 RNA。短雙鏈 RNA 解旋后正義鏈被降解。

反義鏈與多種蛋白組分 (如 Ago2) 形成 RNA 誘導的沉默復合體 (RNA Induced Silencing Complex, RISC)。RISC 中保留的反義鏈與靶基因的 mRNA 特異地互補，同時 RISC 具有核酸酶活性，能將靶基因的 mRNA 切割降解，抑制靶基因的表達。

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設計 siRNA

如果您希望設計自己的 siRNA，可根據(jù)以下原則來設計 siRNA[3][4][5]。然后，通過化學合成、體外轉錄、載體或 PCR 產物表達等方式進行制備相應的 siRNA。

一些在線網站可以基于一定規(guī)則設計出 siRNA 序列。如，http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.html； 
http://sidirect2.rnai.jp/。
設計規(guī)則如下：
(1) 從靶基因轉錄本 (mRNA) 的 AUG 起始密碼子開始，尋找“AA”及之后 3'端相鄰的 19 個堿基序列，作為潛在的 siRNA 靶向位點。
(2) siRNA 序列的 GC 含量應為 30%-60% 左右。
(3) siRNA 中應避免連續(xù)的單一堿基和反向重復序列。
(4) 避免針對 5'和 3'端的非編碼區(qū) (untranslatedregions，UTRs)，原因是這些地方有豐富的調控蛋白結合區(qū)域，而這些 UTR 結合蛋白或者翻譯起始復合物可能會影響沉默復合體結合 mRNA， 進而影響 siRNA 的效果。
(5) 將潛在的靶向位點與相應的基因組數(shù)據(jù)庫 (人、小鼠、大鼠等) 進行對比，如果靶向序列與其他基因編碼序列具有超過 16-17 個連續(xù)堿基對同源性，就不能選擇這樣的序列。我們建議使用 BLAST (www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)。
(6) 隨機設計的 siRNA 存在降低靶向基因的 mRNA 水平效果不佳的可能性，所以一個基因需要設計多個靶基因的 siRNA，通過實驗確認最有效的 siRNA 序列。

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siRNA 套裝

為了滿足廣大研究者利用 RNA干擾的方法去探究基因功能的需求，MedChemExpress (MCE) 專門推出預設計 siRNA 套裝。

我們的預設計 siRNA 套裝針對靶基因 (僅限人、小鼠、大鼠) 的不同區(qū)域設計三對 siRNA，我們保證在標準使用條件下 (轉染效率 80% 以上) 至少一對 siRNA 的 mRNA 水平沉默效率達 70% 以上。套裝產品包括 3 對 siRNA，附贈陰性對照、陽性對照、FAM 標記陰性對照 siRNA。


 Tips：

• MCE 提供的 siRNA 為凍干粉形式，收到產品后，請于 -20℃ 或 -80℃ 保存，可以穩(wěn)定保存一年。
• 使用前瞬時離心，用 RNase-free H₂O 或滅菌 ddH₂O 配制成 20 μM 儲存液。
• 配置 20 μM 儲存液需要向 5 nmol 的 siRNA 中加入 250 μL 滅菌水。
• 20 μM 儲存液分裝保存避免反復凍融。
• 熒光標記的 siRNA 需要避光保存。

 

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siRNA 轉染

常見轉染的方法有：磷酸鈣共沉淀、電穿孔法、DEAE 葡聚糖和 polybrene、機械法 (例如，顯微注射和基因槍)、陽離子脂質體試劑，其中使用陽離子脂質體試劑轉染是目前最常用的轉染方法。
MCE 推出最新轉染試劑 HY-K2017 (siRNA/miRNA Transfection Reagent)，可用于高效率轉染 siRNA。對于一些難轉染的細胞如原代細胞、干細胞和 B 細胞系，可以考慮選擇電穿孔法。

  轉染步驟如下：
1. 接種細胞：待達到合適的細胞密度時進行細胞轉染。
2. 制備轉染復合物：用無血清的培養(yǎng)基中稀釋 siRNA 儲存液和轉染試劑 HY-K2017，然后混合兩者，室溫孵育 15-30 min。
3. 轉染：向細胞中加入轉染復合物和無血清培養(yǎng)基， 可在轉染約 6 h 后將無血清培養(yǎng)基更換為正常含血清培養(yǎng)基，然后培養(yǎng) 24-96 h 后，收樣檢測。
4. siRNA 效果驗證：常用方法是 RT-PCR 檢測靶基因 mRNA 水平或 Western 檢測靶基因蛋白表達水平。
MCE 的預設計 siRNA 套裝針提供了陰性對照、GAPDH 陽性對照、FAM 標記陰性對照。陰性對照與目的基因的序列無同源性，可用于驗證 siRNA 的特異性。

圖 4. 檢測 siRNA 的轉染效率^[6]。 

 

此外，客戶可以通過檢測轉染了 FAM 標記陰性對照的細胞的熒光信號來確定轉染效率 (圖 3)。通過轉染了 GAPDH 陽性對照的細胞確認轉染實驗中操作是否有問題。如果 GAPDH mRNA 表達降低，則證明轉染實驗中操作沒有問題，GAPDH siRNA 正常發(fā)揮作用。如果 GAPDH mRNA 表達沒有變化，則證明操作出現(xiàn)失誤，轉染失敗。

▐ 1. 針對人類基因設計的 siRNA 對其他物種是否也有效？
一般 siRNA 都具有物種特異性，所以針對人類基因設計的 siRNA 沉默其他物種的同源序列的效果無法保證。如果希望 siRNA 能對兩個或兩個以上的物種有效，這需要進行相應的生物信息學分析。

▐ 2. 同樣的 siRNA 為什么在細胞 A 中有效，在細胞 B 效果不好？
不同細胞可能轉染效率不一樣，基因表達水平也不一樣，這些都與 siRNA 的作用效率有關。
▐ 3. 如何設計用于 RT-PCR 的引物？
RT-PCR 的引物應該設計在 siRNA 靶向位點的兩側，而不是同側。設計于同側的 PCR 引物可能導致假陰性結果。
另外，RT-PCR 結果會因為靶基因 mRNA 降解時間不同、細胞內靶基因 mRNA 豐度不同而導致假陰性結果，推薦使用多種檢測方式包括 RT-PCR、Northern、Western 檢測來驗證 siRNA 的效果。
▐ 4. 如何改善基因沉默的效果？

• 提高轉染效率：首先可依據(jù)轉染試劑說明書進行轉染條件 (細胞密度，轉染試劑用量，轉染時間等) 優(yōu)化嘗試，其次可嘗試在其他細胞類型上進行轉染。若由于實驗模型限制無法使用其他細胞，可考慮更換轉染試劑或轉染方法 (如電轉)。
• 轉染過程中使用無血清培養(yǎng)基：血清會阻礙轉染試劑與 siRNA 形成復合物，進而影響轉染效果。
• 優(yōu)化 siRNA 濃度：siRNA 最佳工作濃度因不同的細胞類型及研究目的而異，這取決于 siRNA，細胞系和選擇的分析方法。推薦 siRNA 工作濃度為 50 nM，也可以使用不同的濃度進行優(yōu)化實驗以達到最佳轉染效率。但過高濃度的 siRNA 可能對細胞產生毒性。
• 調整細胞的生長狀態(tài)：細胞生長狀態(tài)不好會影響轉染效率。
• 重新設計 siRNA：若確定轉染效果尚佳，其他因素也分析沒有問題的情況下，卻沒有達到理想的基因沉默效果，則可以嘗試重新設計其他 siRNA。

▐ 5. 為什么轉染過程中細胞出現(xiàn)大量死亡？
可能原因有：

• 轉染試劑濃度過高會產生細胞毒性。
• 轉染時的培養(yǎng)基中加入了抗生素，這會降低細胞轉染的效率，甚至導致細胞死亡。
• 細胞本身狀態(tài)不佳。

▐ 6. 為什么檢測發(fā)現(xiàn)靶基因的 mRNA 水平下降了但蛋白水平沒有下降？
一般情況下，靶基因 mRNA 的降解直接導致靶基因蛋白表達下降。但是一些情況下也可能出現(xiàn) mRNA 下降水平但蛋白下降水平并沒有下降。
可能原因有：

• 真核基因表達的轉錄和翻譯發(fā)生的時間和位置不同。可能 mRNA 的下降尚未反映在蛋白量的變化上或者未達到足以檢測的水平。所以一般建議蛋白檢測的時間要稍稍推后。
• 某些蛋白表達量到一定的程度之后，足以滿足細胞功能。轉錄出來的部分 mRNA 被降解，并沒有參與蛋白翻譯的過程。因此，mRNA 水平的下降可能沒有引起蛋白水平下降。
• 某些基因有多個轉錄本，而且有可能每個轉錄本都會編碼產生相應的蛋白。而設計的 siRNA 只是針對其中一個轉錄本，其他的轉錄本并未受影響，仍正常表達蛋白。
• 可能涉及到其他更加復雜的機制。

▐ 7. MCE 的預設計 siRNA 套裝可以用于動物實驗嗎？

• 動物的體內環(huán)境復雜，實驗周期長，對 siRNA 產品的穩(wěn)定性提出了更高的要求。所以一般用于動物實驗的 siRNA 需要做化學修飾。
• MCE 的套裝中的 siRNA 沒有做過化學修飾，不適合用于動物實驗。MCE 可以提供不同化學修飾的 siRNA 的定制服務。建議客戶選擇已經驗證過效果的 siRNA 序列進行化學修飾，再用于動物實驗。

 

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SPP1 Human Pre-designed siRNA Set A 用于沉默 SPP1 (Human) 基因。

Sucnr1 Mouse Pre-designed siRNA Set A 用于沉默 Sucnr1 (Mouse) 基因。

Bdnf Mouse Pre-designed siRNA Set A 用于沉默 Bdnf (Mouse) 基因。

Fdx1 Rat Pre-designed siRNA Set A 用于沉默 Fdx1 (Rat) 基因。

siRNA/miRNA Transfection Reagent 一種陽離子高分子聚合物的新型轉染試劑，適用于 siRNA 和 miRNA 的轉染。

參考文獻：
[1] The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2006. NobelPrize.org. Nobel Prize Outreach AB 2024. Tue. 2 Jul 2024.  

[2] Zhu KY, et al. Mechanisms, Applications, and Challenges of Insect RNA Interference. Annu Rev Entomol. 2020;65:293-311. 
[3] Elbashir, et al. (2001) Functional anatomy of siRNA for mediating efficient RNAi in Drosophila melanogaster embryo lysate. EMBO J 20: 6877-6888.
[4] Reynolds A, et al. Rational siRNA design for RNA interference. Nat Biotechnol. 2004;22(3):326-330. 
[5] Amarzguioui M, et al. An algorithm for selection of functional siRNA sequences. Biochem Biophys Res Commun. 2004;316(4):1050-1058. 
[6] Jin F, et al. Silencing herpes simplex virus type 1 capsid protein encoding genes by siRNA: a promising antiviral therapeutic approach. PLoS One. 2014;9(5):e96623. Published 2014 May 2.