細(xì)胞STR鑒定

   很多生物醫(yī)藥的研究都采用培養(yǎng)細(xì)胞來進(jìn)行,這些細(xì)胞可能是從細(xì)胞庫(如美國 ATCC,American Type Culture Collection)得來,也可能是受贈(zèng)于其它研究人員。據(jù)估計(jì),15-20%的時(shí)間里,實(shí)驗(yàn)中所使用的細(xì)胞已經(jīng)不是原來的細(xì)胞系,或者與其它細(xì)胞系發(fā)生了交叉污染。顯然,細(xì)胞系遭到污染、特征鑒別錯(cuò)誤,將會(huì)極大地威脅著基于這些細(xì)胞而發(fā)表的論文的質(zhì)量和研究發(fā)現(xiàn)的正確性。為此,很多細(xì)胞庫現(xiàn)在都要對(duì)提交來的細(xì)胞系進(jìn)行鑒定,并對(duì)細(xì)胞系之間的交叉污染進(jìn)行監(jiān)測(cè)。

    一些機(jī)構(gòu)已經(jīng)認(rèn)識(shí)到了交叉污染的問題,如ATCC和 FDA,這些機(jī)構(gòu)要求對(duì)用于制藥領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)中所使用的材料 — 諸如細(xì)胞系 — 應(yīng)該進(jìn)行“身份鑒定”和純度測(cè)試。Nature 雜志最近也要求報(bào)告新的人類胚胎干細(xì)胞系的文章提供STR指紋圖譜數(shù)據(jù)。 此外，F(xiàn)DA建議研究人員在培養(yǎng)細(xì)胞的較早階段(細(xì)胞培養(yǎng)第一周)來鑒定細(xì)胞系的身份。細(xì)胞在被凍存前應(yīng)再一次進(jìn)行鑒定;對(duì)于活躍生長的細(xì)胞,每兩個(gè)月應(yīng)鑒定一

次;文獻(xiàn)發(fā)表前也應(yīng)對(duì)細(xì)胞系身份進(jìn)行鑒定。如果一個(gè)實(shí)驗(yàn)室使用不止一種細(xì)胞系,則應(yīng)在實(shí)驗(yàn)最開始時(shí),就要對(duì)所有的細(xì)胞系進(jìn)行鑒定,以便排除交叉污染。

2 基于STR的方法可以輕松、快速地鑒定細(xì)胞身份

    細(xì)胞培養(yǎng)中可以使用許多方法對(duì)交叉污染進(jìn)行鑒定,如同功酶分析、染色體組分型、人淋巴細(xì)胞抗原(HLA)分型和擴(kuò)增片段長度多態(tài)性(AFLP)的特征分析。但是,比較好的方法是 STR圖譜法,在ATCC,STR 分析使用的是多重 PCR，可以同時(shí)擴(kuò)增 8 個(gè) STR 位點(diǎn)加 1 個(gè)性別決定位點(diǎn)Amelogenin。每個(gè)被分析的人源細(xì)胞系都有其獨(dú)特的 DNA 重復(fù)模式,因此通過與基礎(chǔ)圖譜進(jìn)行比對(duì), 即可對(duì)每一批新細(xì)胞系的身份進(jìn)行確證。 STR 方法防止了 ATCC 將其 6 個(gè)“錯(cuò)誤”細(xì)胞系進(jìn)一步傳播出去 — 因?yàn)榻?jīng)過 STR 分型后,發(fā)現(xiàn) 

原本來自女性的細(xì)胞系中存在著 Y 染色體特異的擴(kuò)增產(chǎn)物。

3技術(shù)流程

3.1 STR位點(diǎn)的選擇

    為了進(jìn)一步提高鑒定的分辨率，我們除了包含ATCC檢測(cè)的8個(gè)STR和1個(gè)性別決定位點(diǎn)Amelogenin外（表1中藍(lán)色字體），另新增了11個(gè)高度多態(tài)性位點(diǎn)（表1中黑色字體）。