腫瘤發(fā)生、發(fā)展、治療靶標(biāo)專題研究

 

簡(jiǎn)介

1. 關(guān)注腫瘤的發(fā)生、進(jìn)展，并篩選相關(guān)的診斷和治療分子靶標(biāo)是腫瘤基礎(chǔ)研究中的重要命題，常規(guī)的研究策略起始于一定樣本數(shù)的差異表達(dá)譜分析（基因芯片），從腫瘤與對(duì)照癌旁或正常組織之間基因表達(dá)的差異，尋找腫瘤發(fā)生的分子因素，并確定候選靶標(biāo)。
2. 一般而言，基因表達(dá)譜分析獲得的數(shù)據(jù)量極為龐大，差異基因數(shù)以千計(jì)，無(wú)法一一驗(yàn)證，隨著分子生物學(xué)技術(shù)的進(jìn)展，尤其是RNAi文庫(kù)以及高內(nèi)涵篩選（High content screening，HCS）技術(shù)的應(yīng)用，高通量地一次驗(yàn)證成千上萬(wàn)個(gè)基因的表型成為了可能。在基因芯片篩選獲得差異表達(dá)的候選分子后，制備在腫瘤中特異性高表達(dá)基因的RNAi慢病毒載體，并在細(xì)胞水平平行沉默候選靶基因，通過(guò)細(xì)胞生長(zhǎng)、克隆形成、遷移運(yùn)動(dòng)能力等表型篩選，確認(rèn)對(duì)腫瘤的典型生物學(xué)特征具有貢獻(xiàn)的功能分子，從而確定未來(lái)的應(yīng)用型靶標(biāo)分子。
3. 一個(gè)靶標(biāo)，即構(gòu)成了一個(gè)富有研究?jī)r(jià)值的課題資源，在大規(guī)模的臨床樣本中，回顧性驗(yàn)證靶標(biāo)分子與臨床病理的相關(guān)性，同時(shí)深入探討其作用的分子機(jī)制，能夠具有縱深地開(kāi)展與腫瘤發(fā)生、進(jìn)展分子基礎(chǔ)相關(guān)的研究工作，獲得富有價(jià)值的科研成果。

技術(shù)特點(diǎn)

A. 從新鮮的臨床組織樣本分析正常與病理狀態(tài)之間基因表達(dá)的差異 
    分類(lèi)清晰，帶有明確臨床問(wèn)題的新鮮組織樣本，抽提RNA后進(jìn)行表達(dá)譜芯片檢測(cè)，結(jié)合強(qiáng)大的生物信息學(xué)分析，能夠獲得正常與病理狀態(tài)之間差異表達(dá)基因的信息，篩選與疾病發(fā)生、進(jìn)展相關(guān)的功能分子，確定治療靶標(biāo)的候選范圍。
B. 利用RNAi文庫(kù)資源對(duì)腫瘤的癌基因進(jìn)行Loss-of-function研究 
    吉?jiǎng)P基因擁有全基因組的RNAi慢病毒文庫(kù)，針對(duì)芯片篩選獲得的差異表達(dá)分子，從文庫(kù)中選取相應(yīng)的靶向shRNA慢病毒感染細(xì)胞，能夠穩(wěn)定、高效地沉默靶標(biāo)基因，驗(yàn)證其功能表型改變，解析其在腫瘤發(fā)生、發(fā)展過(guò)程中的作用。
C. 通過(guò)高內(nèi)涵篩選（High content screening，HCS）技術(shù)高通量進(jìn)行功能鑒定 
    高內(nèi)涵篩選技術(shù)在細(xì)胞學(xué)水平對(duì)大量的差異表達(dá)分子，采用高速采集數(shù)據(jù)，全自動(dòng)分析的方式，驗(yàn)證出行使特定細(xì)胞學(xué)功能（包括增殖、凋亡、侵襲轉(zhuǎn)移等）的基因，由此在差異表達(dá)的基礎(chǔ)上，篩選出對(duì)腫瘤發(fā)生、發(fā)展具有重要功能的靶標(biāo)分子。
D. 在大規(guī)模的腫瘤樣本中分析目的基因及相關(guān)分子的臨床相關(guān)性 
    大樣本的回顧性研究能夠在組織樣本中找到目的基因表達(dá)相關(guān)性的臨床證據(jù)，從病理和隨訪資料中，獲得靶標(biāo)分子的表達(dá)陽(yáng)性率與臨床的相關(guān)性，從而明確其應(yīng)用價(jià)值。 
 

服務(wù)流程

A. 新鮮組織樣本的RNA抽提，基因芯片檢測(cè)
B. 生物信息學(xué)分析，文獻(xiàn)檢索，確定候選研究分子
C. 從RNAi文庫(kù)中調(diào)取候選研究分子的shRNA慢病毒工具
D. 慢病毒感染細(xì)胞，在Cellomics系統(tǒng)上高通量驗(yàn)證候選分子的功能表型
E. 在大規(guī)模臨床樣本中檢測(cè)靶標(biāo)分子的表達(dá)，明確其臨床意義。

 

應(yīng)用領(lǐng)域

A. 腫瘤功能基因研究
B. 特定疾病模型的功能分子篩選
C. 臨床導(dǎo)向的診斷、治療分子靶標(biāo)篩選  
 

樣本要求

高質(zhì)量,具有明確病理和隨訪資料的腫瘤組織樣本對(duì)基因表達(dá)分析和候選靶標(biāo)分子的驗(yàn)證有重要作用。

相關(guān)服務(wù)

A.多種同類(lèi)功能實(shí)驗(yàn)對(duì)靶標(biāo)基因的驗(yàn)證
B. 靶標(biāo)基因在多細(xì)胞的平行功能驗(yàn)證
C. 過(guò)表達(dá)目的基因的反向功能驗(yàn)證
D. RNAi的回復(fù)功能實(shí)驗(yàn)
E. 體內(nèi)試驗(yàn)的驗(yàn)證（動(dòng)物模型）
F. 相關(guān)下游基因的表達(dá)檢測(cè)
G. 其他分子機(jī)制研究（如Y2H，信號(hào)通路熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)）

發(fā)表文章

 
Twist, a Master Regulator of Morphogenesis, Plays an Essential Role in Tumor Metastasis
Yang J, Mani SA, Donaher JL, Ramaswamy S, Itzykson RA, Come C, Savagner P, Gitelman I, Richardson A, Weinberg RA.
Cell. 2004 Jun 25;117(7):927-39.
 
Induction of tumor angiogenesis by Slit-Robo signaling and inhibition of cancer growth by blocking Robo activity.
Wang B, Xiao Y, Ding BB, Zhang N, Yuan X, Gui L, Qian KX, Duan S, Chen Z, Rao Y, Geng JG. 
Cancer Cell. 2003 Jul;4(1):19-29.
 
Differential expression of DOC-1 in microsatellite-unstable human colorectal cancer. 
Yuan Z, Sotsky Kent T, Weber TK.
Oncogene. 2003 Sep 18;22(40):6304-10.
 
Knockdown endogenous CypA with siRNA in U2OS cells results in disruption of F-actin structure and alters tumor phenotype.
Calhoun CC, Lu YC, Song J, Chiu R. 
Mol Cell Biochem. 2009 Jan;320(1-2):35-43. Epub 2008 Aug 14.
 
Silencing MRP4 by small interfering RNA reverses acquired DDP resistance of gastric cancer cell.
Zhang YH, Wu Q, Xiao XY, Li DW, Wang XP. 
Cancer Lett. 2010 May 1;291(1):76-82. Epub 2009 Nov 1.
 
CXCR-4 knockdown by small interfering RNA inhibits cell proliferation and invasion of oral squamous cell carcinoma cells.
Hong JS, Pai HK, Hong KO, Kim MA, Kim JH, Lee JI, Hong SP, Hong SD. 
J Oral Pathol Med. 2009 Feb;38(2):214-9. Epub 2008 Jun 12.
 
CYP450 polymorphisms as risk factors for early-onset lung cancer: gender-specific differences.
Timofeeva MN, Kropp S, Sauter W, Beckmann L, Rosenberger A, Illig T, Jäger B, Mittelstrass K,Dienemann H; LUCY-Consortium, Bartsch H, Bickeböller H, Chang-Claude JC, Risch A, Wichmann HE. 
Carcinogenesis. 2009 Jul;30(7):1161-9. Epub 2009 May 4.
 
Silencing livin gene by siRNA leads to apoptosis induction, cell cycle arrest, and proliferation inhibition in malignant melanoma LiBr cells.
Wang H, Tan SS, Wang XY, Liu DH, Yu CS, Bai ZL, He DL, Zhao J. 
Acta Pharmacol Sin. 2007 Dec;28(12):1968-74. 




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