蛋白泛素化修飾(Ubiquitination)常伴隨泛素-蛋白酶體降解,引起蛋白穩(wěn)定性變化,參與增殖凋亡、內(nèi)吞、免疫等各種生物調(diào)控過程。其發(fā)生過程是通過一個三酶級聯(lián) (E1-E2-E3)反應(yīng),使得單或多個泛素分子連接到蛋白氨基酸(Lys)側(cè)鏈上,并常伴隨蛋白酶體降解,調(diào)控蛋白表達(dá)水平變化。發(fā)生泛素化修飾的賴氨酸共價連接泛素分子,即兩個甘氨酸K-ε-GG殘基,使分子量產(chǎn)生114.1 Da的質(zhì)量偏移。利用質(zhì)譜可準(zhǔn)確測定分子量是否發(fā)生114.1Da的質(zhì)量偏移,從而檢測泛素化修飾肽段及位點。 4D-label free泛素化蛋白組學(xué)是基于timsTOF Pro質(zhì)譜儀,通過數(shù)據(jù)依賴性采集-同步累積連續(xù)碎裂(ddaPASEF)掃描模式進(jìn)行泛素化差異蛋白質(zhì)組學(xué)分析。4D-label free修飾組,利用了離子淌度分離,能根據(jù)分子的形狀、截面積屬性,可有效區(qū)分修飾同分異構(gòu)多肽,極大提高修飾的鑒定深度,以更少上樣量、更快掃描速度,實現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)在覆蓋深度、靈敏度、通量方面的全面性提升。
實驗流程
應(yīng)用方向
▶ 植物發(fā)育與抗逆;
▶ 感染與免疫研究;
▶ 衰老再生及退行性疾病。
數(shù)據(jù)分析
標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析內(nèi)容 |
蛋白質(zhì)總鑒定數(shù)量分析 |
蛋白鑒定與定量結(jié)果統(tǒng)計、韋恩圖分析、差異結(jié)果數(shù)量統(tǒng)計、火山圖、聚類熱圖 |
蛋白質(zhì)功能分析 |
亞細(xì)胞定位、結(jié)構(gòu)域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作網(wǎng)絡(luò)分析 |
質(zhì)量控制分析 |
肽段相對分子質(zhì)量分布、肽段序列長度分布 |
技術(shù)優(yōu)勢
▶ 4D技術(shù)加持,提高定量的準(zhǔn)確性、鑒定深度,更加適合微量樣本;
▶ 克服標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在樣本數(shù)量上的限制,靈活方便;
▶ 基于質(zhì)譜平臺(Bruker timsTOF pro),檢測速度提升近一倍;
▶ 經(jīng)驗豐富——超16年蛋白平臺服務(wù)經(jīng)驗,擁有豐富的高水平項目文章;
▶ 數(shù)據(jù)保證——采用進(jìn)口金標(biāo)抗體,數(shù)據(jù)結(jié)果穩(wěn)定可靠;
▶ 系統(tǒng)解決方案——提供修飾組學(xué)至驗證、上下游聯(lián)合分析,實現(xiàn)快捷”一站式”服務(wù)。
推薦組合產(chǎn)品:蛋白表達(dá)水平全面解析:轉(zhuǎn)錄組+蛋白組+泛素化組。
參考文獻(xiàn)
1.Genome-wide identification of U-box genes and protein ubiquitination under PEG-induced drought stress in potato. 2021. Physiologia Plantarum. (IF 4.50) 【客戶文獻(xiàn)】
Label free泛素化蛋白組學(xué)協(xié)助研究馬鈴薯抗干旱脅迫分子機制
2.Proteomic Analysis of Ubiquitinated Proteins in Rice (Oryza sativa) After Treatment With Pathogen-Associated Molecular Pattern (PAMP) Elicitors. 2019. Frontiers in Plant Science. (IF 5.753) 【客戶文獻(xiàn)】
Label free泛素化蛋白組學(xué)助力水稻防御機制研究
3.Rewiring of the ubiquitinated proteome determines ageing in C. elegans. 2021. Nature.(IF 49.962)
Label free泛素化蛋白組學(xué)發(fā)現(xiàn)抗衰老新機制
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中科新生命(APTBIO)自2004年成立以來,已建立科技服務(wù)(蛋白/修飾/代謝研究)、生物醫(yī)藥表征確證及精準(zhǔn)醫(yī)療三大服務(wù)平臺。APTBIO前身為原中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院蛋白質(zhì)組研究分析中心對外服務(wù)部,是最早參與國際HLPP(肝臟)、HPPP(血漿)項目的平臺之一,已獲得CMA計量認(rèn)證,鄧白氏認(rèn)證及ISO9001質(zhì)量認(rèn)證。作為國內(nèi)提供質(zhì)譜系統(tǒng)解決方案的領(lǐng)航者,中科新生命已在高水平SCI雜志上發(fā)表論文數(shù)百篇;獲得各項發(fā)明專利和專業(yè)著作權(quán)數(shù)十項;并建立具有自主知識產(chǎn)權(quán)的實驗室信息管理系統(tǒng)(LIMS),強化了實驗室質(zhì)量監(jiān)測和質(zhì)量管理,保證客戶數(shù)據(jù)的高效安全性。APTBIO秉承“為人類健康事業(yè)做出貢獻(xiàn)”的信念,整合蛋白質(zhì)組、代謝組、臨床診療及醫(yī)藥研發(fā)數(shù)據(jù),為實現(xiàn)基礎(chǔ)研究到臨床的完美轉(zhuǎn)化提供精準(zhǔn)平臺。