DNA甲基化芯片
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概念和原理
DNA甲基化是表觀遺傳學的重要調(diào)控方式,在維持正常細胞功能、遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類腫瘤發(fā)生中起到重要作用。
基因組DNA起聲打斷后,用重亞硫酸鹽處理,全基因組擴增和酶切片斷化后,與芯片上的等位基因特異性引物退火、雜交,用高解析度芯片掃描儀檢測雜交信號。
科研和臨床應用
l 全基因組范圍內(nèi)檢測甲基化位點:
l 研究啟動子甲基化對基因的調(diào)控;
l 比較不同細胞、組織、腫瘤的甲基化圖譜:
l 尋找疾病診斷和預后的分子靶點。
標本采集、保存、運輸
l 基因組DNA樣品,樣品要求:
a樣品純度:OD260/280值應在1.7-2.0之間;RIxIA應該去除干凈;不得有其它個體或其它物種的DNA污染;
b樣品濃度:濃度不低于55 ng/ul;
c樣品總量:每個樣品總量不少于5叫;
d樣品溶劑:溶解在TE中;
e樣品運輸:DNA冷凍運輸;在運輸過程中請將管口密封好,以防出現(xiàn)污染;
l 組織樣品:組織≥100 mg,-80℃保存,冷凍運輸;
l 血液樣品:全血≥1.0 ml,-80℃保存,冷凍運輸;
l 細胞樣品:細胞數(shù)≥106個,-800C保存,冷凍運輸。
報告形式
l 實驗文件:主要實驗步驟、DNA質(zhì)檢報告;
l 實驗圖像:芯片掃描圖:
l 實驗數(shù)據(jù):原始數(shù)據(jù)和處理的數(shù)據(jù)(甲基化總表、差異甲基化基因的功能分析、差異甲基化基因的pathway分析、Diffscore篩選、DeltaBeta篩選等)。
做實驗,掃一掃