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基于對靶蛋白泛素化，繼而被蛋白酶體降解，以實現對不可成藥靶點的干預。PROTACs藥物分子結構包括靶蛋白配體，E3泛素化連接酶和連接二者的Linker。
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PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeric Molecules)技術基于對靶蛋白泛素化，繼而被蛋白酶體降解，以實現對不可成藥靶點的干預。PROTACs藥物分子結構包括靶蛋白配體，E3泛素化連接酶和連接二者的Linker。
PROTACs介導的靶蛋白降解過程包括
1）PROTAC結合靶蛋白后，E3泛素化連接酶對靶蛋白的泛素化；
2）被泛素化后蛋白將被蛋白酶體降解。
本實驗通過質譜技術，從組學層面對PROTAC藥物處理后的細胞（或組織）進行分析，嘗試對上述兩個關鍵環(huán)節(jié)進行定量分析：
1） 基于LC-MSMS平臺的蛋白質組學分析：對PROTACs引起的蛋白譜變化進行定性定量分析，確認靶蛋白的降解和潛在脫靶情況；
2） 基于中科新生命PROTACs分析標準，對脫靶狀態(tài)進行評估；
3） 對下調蛋白泛素化水平進行分析，考察被降解蛋白是否被藥物泛素化；
*包括蛋白質定量、SDS-PAGE測試、酶解和質譜分析，對樣本質量及樣本之間的平行性進行初步判斷。
2、脫靶范圍分析：比較不同藥物的脫靶風險，并對潛在脫靶蛋白生物學功能、細胞定位等進行分析；
3、作用機制分析：對降解蛋白是否基于PROTACs機制進行質譜分析和評估；
· 豐富的PROTACs項目經驗，可根據靶蛋白特征設計檢測策略；
· 結合行業(yè)經驗評估實驗藥物的上靶脫靶情況
· 成熟的蛋白泛素化檢測方案，可對蛋白泛素化修飾位點進行定性定量評估，助力linker和E3連接酶優(yōu)化
2.Khan S , Zhang X , Lv D , et al. A selective BCL-XL PROTAC degrader achieves safe and potent antitumor activity[J]. Nature medicine,2019.
3.Sabicki M , Kozicka Z , Petzold G , et al. The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K[J]. Nature.2020.
PROTACs介導的靶蛋白降解過程包括
1）PROTAC結合靶蛋白后，E3泛素化連接酶對靶蛋白的泛素化；
2）被泛素化后蛋白將被蛋白酶體降解。
本實驗通過質譜技術，從組學層面對PROTAC藥物處理后的細胞（或組織）進行分析，嘗試對上述兩個關鍵環(huán)節(jié)進行定量分析：
1） 基于LC-MSMS平臺的蛋白質組學分析：對PROTACs引起的蛋白譜變化進行定性定量分析，確認靶蛋白的降解和潛在脫靶情況；
2） 基于中科新生命PROTACs分析標準，對脫靶狀態(tài)進行評估；
3） 對下調蛋白泛素化水平進行分析，考察被降解蛋白是否被藥物泛素化；
實驗流程
應用方向
1、靶點降解分析：比較不同藥物或不同濃度下對靶蛋白的降解能力；2、脫靶范圍分析：比較不同藥物的脫靶風險，并對潛在脫靶蛋白生物學功能、細胞定位等進行分析；
3、作用機制分析：對降解蛋白是否基于PROTACs機制進行質譜分析和評估；
數據分析
| 標準數據分析內容 | |
| 蛋白質總鑒定數量分析 | 蛋定與定量結果統(tǒng)計、差異結果統(tǒng)計、火山圖、聚類熱圖 |
| 差異蛋白質功能分析 | 亞細胞定位、結構域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作網絡分析 |
| 質量控制分析 | 肽段離子質量偏差分布、肽段離子得分分布、蛋白質豐度比分布 |
| 高級數據分析內容 | |
| WGCNA共表達分析 | 獲得與表型強關聯(lián)的核心蛋白質 |
| 趨勢聚類分析 | 探討蛋白質的表達趨勢模式 |
技術優(yōu)勢
· 全平臺蛋白質組學解決方案，由化藥專業(yè)團隊進行方案建議和優(yōu)化；· 豐富的PROTACs項目經驗，可根據靶蛋白特征設計檢測策略；
· 結合行業(yè)經驗評估實驗藥物的上靶脫靶情況
· 成熟的蛋白泛素化檢測方案，可對蛋白泛素化修飾位點進行定性定量評估，助力linker和E3連接酶優(yōu)化
參考文獻
1.Esbroeck A , Janssen A , Cognetta A B , et al. Activity-based protein profiling reveals off-target proteins of the FAAH inhibitor BIA 10-2474[J]. Science (New York, N.Y.), 2017, 356(6342):1084-1087.2.Khan S , Zhang X , Lv D , et al. A selective BCL-XL PROTAC degrader achieves safe and potent antitumor activity[J]. Nature medicine,2019.
3.Sabicki M , Kozicka Z , Petzold G , et al. The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K[J]. Nature.2020.
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