外顯子研究

真核生物的基因組中存在外顯子和內(nèi)含子現(xiàn)象，因此一些基因由于差異性剪接，可以形成幾個(gè)長(zhǎng)度不同的轉(zhuǎn)錄本，這些轉(zhuǎn)錄本在功能上可能會(huì)有一定的差異。隨著研究的深入，研究者不僅需要知道一個(gè)基因所有轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)情況，還需要知道每一個(gè)外顯子的表達(dá)情況。以前，在設(shè)計(jì)基因表達(dá)譜芯片時(shí)，探針選取的基本上是靠近mRNA 3’端的序列，無法檢測(cè)差異性剪接的情況，而Exon Array在選取探針序列時(shí)，每一個(gè)外顯子都設(shè)計(jì)了3-4個(gè)探針，并且在實(shí)驗(yàn)過程中盡量保證轉(zhuǎn)錄本在5’端的完整性，這樣可以獲取一個(gè)基因不同外顯子的表達(dá)情況。

可檢測(cè)的外顯子數(shù)約一百萬個(gè)，代表了約30萬個(gè)不同轉(zhuǎn)錄本（差異性剪接算多種），其中9萬個(gè)轉(zhuǎn)錄本超過一個(gè)外顯
子．
探針長(zhǎng)度為25mer，平均PSR（probe selection region）127bp。

應(yīng)用：
•發(fā)現(xiàn)被跨越的外顯子
•發(fā)現(xiàn)保留的內(nèi)含子
•尋找互相排斥的外顯子使用
•尋找不同的啟動(dòng)子區(qū)域
•尋找不同的PolyA位點(diǎn)
•尋找不同的剪接供體和受體位點(diǎn)