利用 Agilent 2100 生物分析儀系統(tǒng)簡(jiǎn)化 DV200 評(píng)估

•  預(yù)定義的 DV₂₀₀ 區(qū)域
•  DV₂₀₀ 默認(rèn)展示在區(qū)域表中
•  結(jié)果根據(jù) DV₂₀₀ 范圍進(jìn)行標(biāo)記
•  DV₂₀₀ 范圍顯示在芯片匯總中

技術(shù)詳情
使用 Agilent 2100 生物分析儀系統(tǒng)， 該系統(tǒng)配備 Agilent 2100 Expert 軟件版本 B.02.08、Agilent RNA 6000 Nano 試劑盒（部件號(hào) 5067-1511） 和 Agilent RNA 6000 Pico 試劑盒（部件號(hào) 5067-1513）。除非另有說(shuō)明， 否則按照制造商的方案和指南進(jìn)行操作。FFPE RNA 樣本由國(guó)家腫瘤疾病中心（NCT，德國(guó)海德堡）的組織庫(kù)提供，本應(yīng)用符合組織庫(kù)的規(guī)定并獲得海德堡大學(xué)倫理委員會(huì)的批準(zhǔn)。

數(shù)據(jù)分析
DV₂₀₀ RNA 分析能夠自動(dòng)定義一個(gè)包含 200 至 8000 個(gè)核苷酸的區(qū)域， 如圖 1 所示。對(duì)應(yīng)的 DV₂₀₀ 顯示在區(qū)域表的總百分比一列中。所有樣本的 RIN 算法不受影響。選擇結(jié)果表，DV₂₀₀ 會(huì)包含在導(dǎo)出并打印的數(shù)據(jù)中。此外，可以從芯片匯總表中復(fù)制 DV₂₀₀ 范圍。



結(jié)果標(biāo)記

可根據(jù) DV₂₀₀ 指標(biāo)對(duì)降解的 RNA 樣本按片段大小分布進(jìn)行分類(lèi)。一些 RNA 序列庫(kù)方案推薦根據(jù)樣本的 DV₂₀₀ 范圍確定 RNA 的起始量^[1]。DV₂₀₀RNA 分析用不同顏色標(biāo)記 RIN < 4 的樣本，以輕松評(píng)估 DV₂₀₀ 范圍（圖 2）。



導(dǎo)入分析
DV₂₀₀ RNA Nano 和 Pico 分析能夠與 2100 Expert 軟件版本 B.02.08 或更高版本兼容。它們可用于重新分析現(xiàn)有數(shù)據(jù)文件以及新數(shù)據(jù)采集。
如需使用 2100 Expert 軟件進(jìn)行 DV₂₀₀ RNA Nano 或 Pico 分析，請(qǐng)從安捷倫網(wǎng)站下載該軟件：www.genomics.agilent.com。將 DV₂₀₀ RNA Nano.xsy 或 DV₂₀₀ RNA Pico.xsy 文件存儲(chǔ)在 RNA 分析文件夾 (C:\Program Files (x86)\Agilent\2100 bioanalyzer\2100expert\assays\RNA) 中。

要將 DV₂₀₀ 應(yīng)用于現(xiàn)有數(shù)據(jù)文件：
DV₂₀₀ RNA Nano 分析僅可用于重新分析真核細(xì)胞總 RNA Nano 數(shù)據(jù)文件，并且 DV₂₀₀ RNA Pico 分析僅可用于真核細(xì)胞總 RNA Pico 數(shù)據(jù)文件。

分析設(shè)定值和結(jié)果標(biāo)記將應(yīng)用于數(shù)據(jù)文件并且隨后可以進(jìn)行保存。

要用 DV₂₀₀ RNA Nano 和 DV₂₀₀ RNA Pico 分析運(yùn)行樣本：


結(jié)論
DV₂₀₀ RNA Nano 和 DV₂₀₀ RNA Pico 分析是實(shí)用工具，能夠自動(dòng)定義從 FFPE 組織中提取的降解 RNA 樣本的 DV₂₀₀ 區(qū)域。分析被導(dǎo)入后，即可用于運(yùn)行 Agilent 2100 生物分析儀 RNA 芯片或重新分析現(xiàn)有數(shù)據(jù)文件。DV₂₀₀ 結(jié)果可保存、導(dǎo)出并顯示在報(bào)告中。

參考文獻(xiàn)
<sup>1. Evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina, Technical Note, publication number 470-2014 001. https://www.illumina.com/ documents/products/technotes/ technote-truseq-rna-access.pdf

僅限研究使用。
不可用于診斷目的。
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© 安捷倫科技（中國(guó)）有限公司，2017 2017 年 8 月 1 日，中國(guó)出版
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