超微量紫外/熒光全功能分光光度計在RNA質(zhì)控的應(yīng)用

RNA質(zhì)控，我來幫你！
 
小編心里話：RNA質(zhì)控是個技術(shù)活兒！
 
對于每天泡在實驗室的人來說，qPCR已是家常便飯。毫無疑問濃度高，純度好，片段完整，才是我們理想中的RNA樣品。然而，RNA總是嬌氣的存在！室溫或4度極易降解，提取的時候容易有污染物殘留。因此完整的RNA質(zhì)控包含了三個方面：濃度質(zhì)控，純度質(zhì)控，片段完整性質(zhì)控。
 
如何把控RNA質(zhì)量，繼續(xù)反轉(zhuǎn)錄呢？
 
有一款RNA質(zhì)控的高手，既可以提供RNA濃度質(zhì)控，也可以提供RNA純度質(zhì)控，沒錯，就是美國Denovix公司獨家提供的DS-11FX超微量紫外/熒光全功能分光光度計，看上去酷酷的 RNA純度質(zhì)控的標(biāo)準(zhǔn)方法是超微量分光光度計（光吸收）法，通過監(jiān)控A260/230和A260/280的比值來判定RNA的純度。通常A260/280的比值范圍在1.8-2.0之間，如果大于2.0則說明RNA已經(jīng)降解，如果低于1.8則說明含有蛋白質(zhì)或其他雜質(zhì)；而A260/230的比值如果小于2，則表明RNA中含有酚類，鹽等雜質(zhì)。DS-11FX的微量光度計功能可以幫助科研人員來準(zhǔn)確的判定RNA樣品的純度。
 
下圖為RNA紫外法檢測示意圖，A260/280和A260/230都不在正常的比值范圍，說明RNA樣品純度很差，儀器會自動進(jìn)行提示，兩個黃色小三角就是警示圖標(biāo)哦，點擊萌萌的黃色三角警示，儀器會顯示污染物的種類，夠智能吧，這就是DS-11特有的SmartQC功能

圖1 總RNA的測量界面圖（美國DeNovix，DS-11FX）
 
RNA濃度質(zhì)控的標(biāo)準(zhǔn)方法是熒光法，除非是純度很高的RNA也可以采用紫外法。熒光法采用RNA特異性染料，可以準(zhǔn)確的測量RNA濃度。DS-11FX不但提供RNA濃度質(zhì)控，也可以提供DNA和蛋白的濃度精確控制，功能超級強(qiáng)大哦。
 
dsDNA，RNA，ssDNA，Protein單獨的熒光檢測app
 
發(fā)表在Cell stem cell的文章PAX3 Confers Functional Heterogeneity in Skeletal Muscle Stem Cell Responses to Environmental Stress，作者提取衛(wèi)星細(xì)胞的總RNA，采用DS-11FX超微量/熒光全功能分光光度計進(jìn)行RT-PCR之前的RNA的質(zhì)量把控和濃度鑒定。


RNA片段完整性質(zhì)控最常用的是核酸蛋白片段分析儀（Qsep系列毛細(xì)管電泳儀）
RNA樣本即使檢測到較高濃度，也不代表核酸片段就是完整的，因為碎碎的小片段也可以結(jié)合染料。不能只做濃度純度檢測，片段完整性也是評判樣本質(zhì)量的關(guān)鍵點，RNA樣品的降解會是下游實驗失敗的一個重要原因。
 

自信滿滿的Qsep系列毛細(xì)管電泳儀不僅可以清晰地對28S/18S（或者23S/16S）進(jìn)行電泳分離，還可以根據(jù)檢測出的片段分布情況給出完整性評分值RQN，數(shù)值越接近10代表樣本完整性越好。除了峰圖，Qsep還可給出28S：18S比值和DV200值作為參考，再輕微的降解也逃不過Qsep的火眼金睛。
 
綜上，DS-11FX紫外/熒光結(jié)合Qsep可以提供完美的RNA質(zhì)控，國內(nèi)大量著名高校及企業(yè)如北京大學(xué)，復(fù)旦大學(xué)，上海交大，浙江大學(xué)，中山大學(xué)，四川大學(xué)，諾禾，金域等等都開始采用領(lǐng)先的1+1RNA質(zhì)控方案。質(zhì)控新思路，歡迎您的加入。