EMSA和DNase I Footprinting服務(wù)

凝膠遷移或電泳遷移率實(shí)驗(yàn)是一種研究DNA結(jié)合蛋白和其相關(guān)的DNA結(jié)合序列相互作用的技術(shù)，可用于定性和定量分析。這一技術(shù)最初用于研究DNA結(jié)合蛋白，目前也用于研究RNA結(jié)合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。

原理：蛋白質(zhì)可以與末端標(biāo)記的核酸探針結(jié)合，電泳時(shí)這種復(fù)合物比無蛋白結(jié)合的探針在凝膠中泳動(dòng)的速度慢，即表現(xiàn)為相對(duì)滯后。該方法可用于檢測(cè)DNA結(jié)合蛋白、RNA結(jié)合蛋白，并可通過加入特異性的抗體（supershift）來檢測(cè)特定的蛋白質(zhì)，并可進(jìn)行未知蛋白的鑒定。

目前，公司提供探針的標(biāo)記方法包括：熒光標(biāo)記（DNA）或者Biotin標(biāo)記（RNA）的方法。歡迎來電來信咨詢。

方法原理：

先將待測(cè)雙鏈DNA片段中一條單鏈的一端選擇性地進(jìn)行末端標(biāo)記,然后加入恰當(dāng)濃度的DNaseⅠ,使在DNA鏈上隨機(jī)形成缺口,經(jīng)變性后電泳分離,放射自顯影,即可形成以相差一個(gè)核苷酸為梯度的DNA條帶。但當(dāng)DNA片段與相應(yīng)的序列特異性DNA結(jié)合蛋白結(jié)合后,DNA結(jié)合蛋白可保護(hù)相應(yīng)的DNA序列不受DNaseⅠ的攻擊,因而在放射自顯影圖譜上,DNA梯度條帶在相應(yīng)于DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合區(qū)域中斷,從而形成一空白區(qū)域,恰似蛋白質(zhì)在DNA上留下的足跡,因而被形象地稱作足跡法。如果同時(shí)進(jìn)行DNA化學(xué)測(cè)序,即可判斷出結(jié)合區(qū)的精確順序。

DNase I足跡試驗(yàn)是一種鑒別RNA聚合酶等蛋白質(zhì)在DNA上結(jié)合位點(diǎn)的方法，它不僅能找到與特異性DNA結(jié)合的目標(biāo)蛋白，而且能告知目標(biāo)蛋白結(jié)合在哪些堿基部位。

DNase I足跡試驗(yàn)定義

蛋白質(zhì)結(jié)合在DNA片段上，能保護(hù)結(jié)合部位不被DNase破壞，DNA分子經(jīng)酶切作用后遺留下該片段(亦稱“足跡”)，進(jìn)而可以確定它的序列。在電泳凝膠的放射性自顯影圖片上，相應(yīng)于蛋白質(zhì)結(jié)合的部位沒有放射性標(biāo)記條帶。

DNase I足跡試驗(yàn)是一種鑒別RNA聚合酶等蛋白質(zhì)在DNA上結(jié)合位點(diǎn)的方法，它不僅能找到與特異性DNA結(jié)合的目標(biāo)蛋白，而且能告知目標(biāo)蛋白結(jié)合在哪些堿基部位。足跡試驗(yàn)的方法較多，常用的有DNase I足跡試驗(yàn)和硫酸二甲酯足跡試驗(yàn)(dimethylsulfate，DMS)，兩者原理基本相同。

DNase I足跡試驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)流程

DNase I足跡試驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)流程如下：①待檢雙鏈DNA分子用P作末端標(biāo)記，通常只標(biāo)記一端；②蛋白質(zhì)與DNA混合，等兩者結(jié)合后，加入適量的DNase I，消化DNA分子，控制酶的用量，使之達(dá)到每個(gè)DNA分子只發(fā)生一次磷酸二酯鍵斷裂，并列設(shè)置未加蛋白質(zhì)的對(duì)照；③從DNA上除去蛋白質(zhì)，將變性的DNA加樣在測(cè)序凝膠中作電泳和放射性自顯影，與對(duì)照組相比后解讀出足跡部位的核苷酸序列。