CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是研究DNA與蛋白互作的新技術(shù)。與ChIP-Seq相比,CUT&Tag不需要甲醛交聯(lián)和免疫共沉淀的過(guò)程,而是通過(guò)靶蛋白的抗體和Protein A的介導(dǎo),使Protein A融合的Tn5轉(zhuǎn)座酶靶向并切割DNA,同時(shí)在序列兩端加上測(cè)序接頭,經(jīng)PCR擴(kuò)增后形成高通量測(cè)序文庫(kù)。
優(yōu)點(diǎn):
靈敏度高;重復(fù)性好
實(shí)驗(yàn)流程圖:
細(xì)胞與ConA beads結(jié)合——細(xì)胞滲透性處理——一抗與目的蛋白特異性結(jié)合——二抗結(jié)合一抗放大信號(hào)——加入pA-Tn5與抗體結(jié)合——通過(guò)Mg2+激活轉(zhuǎn)座體,片段化目的蛋白結(jié)合的DNA,并加上接頭序列——DNA提取與擴(kuò)增-高通量測(cè)序
客戶提供材料 |
交付結(jié)果 |
凍存細(xì)胞:細(xì)胞數(shù)>10萬(wàn)
凍存組織:組織量>40 mg
一抗(請(qǐng)使用ChIP級(jí)別的一抗,提供未稀釋的抗體原液,
送樣前請(qǐng)將抗體的說(shuō)明書(shū)發(fā)給我們,以便安排后續(xù)實(shí)驗(yàn))
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實(shí)驗(yàn)過(guò)程圖
高通量測(cè)序原始數(shù)據(jù)
生物信息學(xué)分析結(jié)果
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CUT&Tag數(shù)據(jù):
使用CUT&Tag,鑒定H3K27me3在染色質(zhì)水平上的peaks。與ChIP-seq相比,在相同Reads條件下,兩者的Peaks一致,并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。
bio-equip.com
技術(shù)服務(wù):
1、DAP-seq:高通量檢測(cè)轉(zhuǎn)錄因子或DNA結(jié)合蛋白在基因組上的結(jié)合位點(diǎn)。
2、酵母單雜交:研究
蛋白質(zhì)和特定
DNA序列相互作用。
3、酵母雙雜交:檢測(cè)已知蛋白質(zhì)之間的相互作用,鑒定與已知蛋白相互作用的未知蛋白。
4、EMSA:鑒定或驗(yàn)證DNA結(jié)合蛋白和DNA序列的相互作用。
5、ChIP-seq:高效檢測(cè)重組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子在基因組的結(jié)合位點(diǎn)。
6、DAP-seq與RNA-seq聯(lián)合分析: 分析轉(zhuǎn)錄因子的靶基因在RNA-seq數(shù)據(jù)中的表達(dá)變化,深入挖掘DAP-seq和RNA-seq測(cè)序數(shù)據(jù),增加轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的分析深度。
7、DNA-pull down:鑒定與DNA結(jié)合的蛋白。
歡迎企業(yè)和課題組洽談合作,電話:15632249798(微信同號(hào)),QQ:2522026793