土壤是指地球表面的一層疏松的物質(zhì),由各種顆粒狀礦物質(zhì)、有機(jī)物質(zhì)、水分、空氣、微生物等組成,能生長(zhǎng)植物。土壤微生物的數(shù)量很大,1克土壤中就含有4000~7000種近10億個(gè)細(xì)菌。1畝地耕層土壤中,微生物的重量能達(dá)到300-3000公斤。而其中90%以上的微生物都是無(wú)法直接培養(yǎng)的。
因此,提取土壤中的微生物基因組能夠直接在分子生物學(xué)的基礎(chǔ)上研究環(huán)境生態(tài)、環(huán)境保護(hù)與修復(fù)以及菌種篩選。
但是土壤中含有大量的腐殖酸(Humic Acid,簡(jiǎn)寫HA)是動(dòng)植物遺骸,主要是植物的遺骸,經(jīng)過(guò)微生物的分解和轉(zhuǎn)化,以及一系列的化學(xué)過(guò)程積累起來(lái)的一類有機(jī)物質(zhì)。因?yàn)槠湫再|(zhì)與DNA十分相似,所以在提取時(shí)會(huì)與基因組一同被提取出來(lái),而微量的腐殖酸就會(huì)對(duì)下游PCR實(shí)驗(yàn)以及酶切反應(yīng)產(chǎn)生抑制作用。
目前從土壤樣品中提取微生物DNA的方法主要有Bead beating法、Bourrain法、Martin-Laurent法,而這些方法都統(tǒng)分為直接法和間接法。
直接法是指將土壤樣品放在裂解液中,經(jīng)過(guò)有效的破壁方法使微生物的DNA全部釋放到裂解液中,然后再進(jìn)行分離提取的方法。
間接法是指將土壤放在一種緩沖液中,把微生物從土壤中分離出來(lái),然后再進(jìn)行DNA的提取。
目前市面上土壤提取試劑盒有很多種,一些進(jìn)口公司的土壤DNA提取試劑盒能夠很好的提取土壤中基因組DNA,很多土壤相關(guān)工作人員都選用該試劑盒。不過(guò)這些試劑盒在價(jià)格上同樣也是走在行業(yè)前列,讓很多從事土壤研究的科研工作者因?yàn)閮r(jià)格望而卻步。
百泰克生物科技有限公司本著“科技領(lǐng)先,優(yōu)質(zhì)高效,顧客至上,遵信守約”的理念,開發(fā)了一種新型高效的土壤/淤泥基因組DNA提取試劑盒,突破性的開發(fā)出一種新型腐殖酸去除劑,最大限度的去除土壤樣本中的腐殖酸,保留目標(biāo)DNA,結(jié)合磁珠法核酸純化的技術(shù),匹配百泰克32/96通量自動(dòng)核酸提取儀可以完成提取,大大節(jié)省科研人員操作的同時(shí),得到高純度的土壤微生物DNA。
百泰克實(shí)驗(yàn)室研究人員為了進(jìn)一步對(duì)比產(chǎn)品效果,還將行業(yè)領(lǐng)先的A公司的土壤試劑盒、B公司的試劑盒與公司的新型試劑盒做對(duì)比實(shí)驗(yàn),實(shí)驗(yàn)采用三種地理位置不同,深度不同,濕度不同的土樣/淤泥作為樣本,驗(yàn)證了新產(chǎn)品的性能。
→提取土壤基因組DNA超微量分光光度計(jì)檢測(cè)結(jié)果:
→提取土壤基因組DNA核酸電泳結(jié)果:
→提取土壤基因組DNA采用16s rDNA通用引物 PCR擴(kuò)增電泳結(jié)果:
總結(jié):百泰克土壤提取試劑盒提取的土壤DNA,鹽殘留低,純度高,提取核酸中PCR抑制因子極低(A公司三種土壤有提取的核酸只有兩種滿足PCR條件;B公司提取的DNA鹽度尚可,但是含有的PCR干擾因子較多,PCR擴(kuò)增不出條帶。Bioteke土壤提取試劑盒可以正常擴(kuò)增,條帶單一且清晰)
百泰克公司新推出的磁珠法土壤提取試劑盒提取土壤基因組時(shí)間短,通量高,可在2h內(nèi)完成多至96個(gè)土壤樣本的提取,提取核酸質(zhì)量高,純度高,鹽殘留低,腐殖酸去除率高,可以直接用于PCR,酶切反應(yīng)等實(shí)驗(yàn),是廣大從事土壤相關(guān)研究的科研工作者的不二選擇。