轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)

       轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。蛋白質(zhì)是行使細(xì)胞功能的主要承擔(dān)者，蛋白質(zhì)組是細(xì)胞功能和狀態(tài)的最直接描述，轉(zhuǎn)錄組成為研究基因表達(dá)的主要手段，轉(zhuǎn)錄組是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的必然紐帶，轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是目前研究最多的，也是生物體最重要的調(diào)控方式。
目前我們提供的轉(zhuǎn)錄組服務(wù)有：


樣品要求：
⑴樣品純度要求： total RNA OD值應(yīng)在1.8至2.2之間；電泳檢測28S:18S至少大于1.5;
⑵樣品濃度： total RNA濃度不低于400ng/ul；樣品總量不低于5ug;目前最新的樣品建庫要求降低到200ng,濃度大于50ng/ul即可。

一、PacBio全長轉(zhuǎn)錄組測序
     隨著基因組研究的不斷發(fā)展，以PacBio測序為代表的第三代基因測序技術(shù)逐漸應(yīng)用到多個科研領(lǐng)域。該平臺利于單分子實時測序技術(shù)，又稱作SMRT（Single Molecule Real-Time）測序，基于納米小孔的單分子讀取技術(shù)，無需擴(kuò)增即可快速完成序列讀取。
     PacBio SMRT技術(shù)應(yīng)用了邊合成邊測序的原理，主要以四色熒光標(biāo)記的dNTP在ZMW孔完成了對單個DNA分子的測序。在測序過程中，以SMRT芯片為測序載體，DNA聚合酶和模板結(jié)合，4色熒光標(biāo)記 4 種堿基，在堿基配對階段，不同堿基的加入，會發(fā)出不同光，根據(jù)光的波長與峰值可判斷進(jìn)入的堿基類型。平均讀長8-12Kb，最長可達(dá)40-70Kb，通量5-10Gb/cell。
技術(shù)優(yōu)勢：

1. 建庫過程中，DNA不需要PCR擴(kuò)增。
2. 不需要組裝就可以獲得全長轉(zhuǎn)錄本序列。
3. 改善基因表達(dá)量結(jié)果。
4. 發(fā)現(xiàn)新基因和新轉(zhuǎn)錄本。
5. 鑒定可變剪接和基因融合。

二、真核生物轉(zhuǎn)錄組測序
    轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，主要包括 mRNA和非編碼RNA 。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，通過高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。

提供的數(shù)據(jù)分析：

1. 測序序列質(zhì)量評估
2. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
3. 基因組比對
4. 飽和度分析
5. 基因表達(dá)定量分析
6. 表達(dá)相關(guān)性分析
7. 基因差異表達(dá)分析
8. GO分析
9. KEGG分析

三、Small RNA測序分析
    small RNA是指長度在18~30nt的內(nèi)源性RNA，包括miRNA，siRNA和piRNA等。它們在mRNA的轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平的調(diào)控中發(fā)揮重要作用，參與細(xì)胞生長、分化、代謝等各個生物學(xué)過程，對生物體的正常發(fā)育和疾病過程起著關(guān)鍵作用。Small RNA測序是指基于高通量測序平臺對目標(biāo)樣本的small RNA進(jìn)行大規(guī)模檢測，同時發(fā)現(xiàn)新的小RNA，結(jié)合生物信息學(xué)挖掘手段，研究small RNA的功能、結(jié)構(gòu)和調(diào)控機(jī)制。

提供的數(shù)據(jù)分析：

1. 測序序列質(zhì)量評估
2. 數(shù)據(jù)預(yù)處理及長度分布分析
3. small RNA分類注釋
4. 新miRNA預(yù)測
5. miRNA堿基偏好性分析
6. miRNA表達(dá)定量分析
7. 表達(dá)相關(guān)性分析
8. miRNA差異表達(dá)分析
9. 差異miRNA靶基因預(yù)測
10. GO富集分析
11. KEGG富集分析

四、LncRNA測序
     lncRNA（long non-coding RNA）是一類長度超過200nt的ncRNA，通過多種方式在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平發(fā)揮調(diào)控作用。轉(zhuǎn)錄組測序在研究mRNA的同時，能夠發(fā)現(xiàn)大量的lncRNA，并對其表達(dá)水平和轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。當(dāng)進(jìn)一步開展lncRNA與mRNA的關(guān)聯(lián)分析時，就可以深入研究lncRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
技術(shù)優(yōu)勢：

1. 建庫重復(fù)性好。
2. 一次性獲得樣本中幾乎全部的LncRNA信息。
3. 預(yù)測新的LncRNA。
4. 結(jié)合已有的非編碼RNA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行深度數(shù)據(jù)挖掘。

五、CircRNA測序
    環(huán)狀RNA（circular RNA，circRNA）是在轉(zhuǎn)錄過程中,通過可變剪接形成的一類首尾相接的環(huán)狀RNA分子。高等動物中circRNA的種類和含量遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過預(yù)期。最近的研究發(fā)現(xiàn)circRNA可以作為“microRNA海綿”，即競爭性內(nèi)源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），結(jié)合胞內(nèi)miRNA，阻斷miRNA對其靶基因的抑制作用。circRNA也可與蛋白形成復(fù)合體調(diào)節(jié)下游的靶基因。另外，circRNA的表達(dá)呈現(xiàn)出很強(qiáng)的組織特異性，也暗示circRNA具有重要的生物學(xué)功能。
數(shù)據(jù)分析：

1. 測序序列質(zhì)量評估
2. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
3. 基因組比對
4. circRNA預(yù)測及注釋
5. circRNA分類
6. circRNA表達(dá)定量
7. circRNA差異表達(dá)分析
8. GO富集分析
9. KEGG附件分析

六、原核生物轉(zhuǎn)錄組測序
    原核生物的mRNA沒有polyA結(jié)構(gòu)，因此可采用rRNA去除的方法，采用鏈特異性測序同時對原核生物的mRNA和ncRNA進(jìn)行高通量測序。
數(shù)據(jù)分析：

1. 測序序列質(zhì)量評估
2. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
3. 基因組比對
4. 基因表達(dá)定量分析
5. 表達(dá)相關(guān)性分析
6. 差異基因表達(dá)分析
7. GO富集分析
8. KEGG附件分析

七、16S擴(kuò)增子測序
     16S rDNA 擴(kuò)增子測序：16S rDNA為原核生物中編碼核糖體小亞基rRNA的DNA序列，具有9個高變區(qū)域（V1-V9）和10個保守區(qū)域，其中保守區(qū)反映細(xì)菌種屬間親緣關(guān)系，高變區(qū)反映了物種間的特異性，選擇通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，進(jìn)而通過新一代測序技術(shù)對16S rDNA的單個或多個高變區(qū)進(jìn)行測序，來分析環(huán)境或者臨床樣本中古菌或細(xì)菌的群落結(jié)構(gòu)多樣性。
八、宏基因組測序
    宏基因組測序是對特定環(huán)境中的整個微生物群落的基因組信息進(jìn)行檢測，進(jìn)而研究生境中微生物的群落結(jié)構(gòu)、物種分類、進(jìn)化關(guān)系、基因功能及微生物與生境之間的相互作用關(guān)系的一項測序技術(shù)。宏基因組測序不依賴傳統(tǒng)的微生物分離純化技術(shù)，直接提取生境樣本中的總DNA進(jìn)行測序，為鑒定低豐度的微生物群落和獲得更多新基因等提供了新的途徑。

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