solexa 測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)-microRNA

MicorRNA solexa數(shù)據(jù)分析方案

＊基本分析

1.測(cè)序結(jié)果分類(lèi)將分為microRNA, piRNA, tRNA, snRNA, rRNA, snoRNA 等，最后繪制餅圖分布。

2.計(jì)算已知 microRNA 的表達(dá)量（序列個(gè)數(shù)），對(duì)于處理-對(duì)照實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)采用Audic Claverie test篩選兩個(gè)樣本間的差異表達(dá)microRNA。

3.預(yù)測(cè)新的 microRNA 基因
我們根據(jù)solexa測(cè)序得到的未知序列信息，結(jié)合基因組提供的序列上下文信息，使用miRDeep預(yù)測(cè)solexa測(cè)序得到的未知序列中可能存在的novel microRNA。

4．進(jìn)化分析
跨物種比較microRNA 序列的保守性及種子序列的保守性。對(duì)于一個(gè)物種預(yù)測(cè)出來(lái)的新的microRNA,結(jié)果示例(對(duì)號(hào)表示序列完全一致，灰度升高表示保守性依次降低)。

5． microRNA 基因簇分析
將新預(yù)測(cè)的microRNA 在基因組上定位，并尋找可能同時(shí)轉(zhuǎn)錄的microRNA。


＊探索性分析

microRNA 可能發(fā)生部分位置堿基的編輯，導(dǎo)致種子序列改變，從而導(dǎo)致靶基因發(fā)生改變。如：5th T->G。位于seed序列的中間，將直接導(dǎo)致靶基因發(fā)生變化。

1．microRNA 編輯


2．Viral microRNAs

solexa 結(jié)果由于測(cè)出的序列較多，帶有病毒來(lái)源的microRNA，可能與病毒感染或共生有關(guān)。

3．natural antisense miRNAs

microRNA 是stem-loop 結(jié)構(gòu)。其反義鏈也是stem-loop 結(jié)構(gòu)。同樣也能形成microRNA，這是一類(lèi)新的microRNA。其反義鏈也是發(fā)卡結(jié)構(gòu)。
而在solexa測(cè)序結(jié)果中也能測(cè)到anti-sense的序列。因此生物體能存在自然反義microRNA,這是一種全新的microRNA種類(lèi)。

4．Endogenous siRNA

由假基因或基因組重復(fù)序列生成。

5．Si-tRNA等

其他種類(lèi)small-RNA 也正在慢慢的出現(xiàn)。我們也有一些新的證據(jù)表明還存在一些其他的small RNA。因此歡迎一起合作和開(kāi)發(fā)。如：tRNA由三葉草型二級(jí)結(jié)構(gòu)變?yōu)榘l(fā)卡環(huán)結(jié)構(gòu)，結(jié)果也可以生成microRNA。

6．SNP 分析

包括前體及成熟體中SNP 的尋找，對(duì)靶基因影響等。限于人、小鼠等有SNP 數(shù)據(jù)的生物。
該SNP位于seed區(qū)，因此直接影響靶基因。

7．另外

由于單獨(dú)的microRNA solexa數(shù)據(jù)略顯單薄，我們同時(shí)也提供microRNA solexa與表達(dá)譜solexa結(jié)合分析、microRNA solexa與蛋白質(zhì)譜結(jié)合分析、microRNA solexa與專(zhuān)業(yè)文本挖掘的結(jié)合分析、microRNA solexa與microRNA靶基因和轉(zhuǎn)錄因子三組分網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析等服務(wù)。

所有解釋權(quán)歸上海敏芯信息科技有限公司所有；根據(jù)客戶(hù)的要求可以繼續(xù)進(jìn)行其他的深入分析。